Ну а сегодня продолжим повествование о причинах неудачи монотерапии DTG на примере исследования DOMONO. Пока удалось накидать содержание повествования и первые его 2-е части.
Содержание
Часть 1. Обзор и ключевые моменты из исследования «Динамика развития резистентности ВИЧ-1 к поддерживающей монотерапии долутегравиром у пациентов с вирусологической неудачей.» с некоторыми комментариями пояснениями и иллюстрациями.
1.1 Краткая характеристика и достоинства DTG.
1.2 Резульаты исследования.
1.3 Выводы, предположения, наблюдения, действия, а также открытые вопросы авторов данного исследования по его результатам.
Часть 2. Вопросы, оставшиеся открытыми о причинах неудачи монотерапии долутегравиром.
Часть 3. Необходимые для понимания дальнейших разделов широким кругом читателей разъяснения и доп. информация по вопросам ВИЧ-инфекции.
3.1 Основные мутации резистентности ВИЧ-1 к DTG и их количественные характеристики.
3.2 Понятие кратности резистентности (Fold Change).
3.3 Понятие биологических порогов резистентности (biological cut-off = BCO) и клинических порогов резистентности (clinical cut-off = CCO).
3.4 Что такое полипуриновый тракт (PPT) и чем грозят мутации в нем.
3.5 Схема обратной транскрипции ВИЧ с описанием и роль PPT в ней.
3.6 Схема и механизм интеграции вирусной ДНК в ДНК человека с подробным описанием.
3.7 Механизм ингибирования ингибиторами переноса нитей интегразой (INSTI) интеграции вирусной ДНК в ДНК человека и потенциальное влияние PPT на нее.
Часть 4. Обзор ряда важных характеристик эффективности АРВТ на основании некоторых исследований и мои выводы о причинах неудачи поддерживающей монотерапии DTG.
4.1 Анализ из исследования графика зависимости концентрации РНК ВИЧ-1 в плазме в зависимости от длительности терапии (оценка динамики развития VF для каждого отдельно взятого случая из 10 неудач и попытка найти в этой динамике закономерность).
4.2 Чем характеризуется эффективность АРВ препаратов (АРВП) и ее основные составляющие.
4.3 Важная характеристика эффективности АРВП кривая «доза – ответ» (т.е. «концентрация АРВП – вирусологический ответ») и ее интерпретация на примере DTG.
4.4 Модель медианного эффекта кривой «доза – ответ» (полученная на основе уравнений Хилла и Ментен-Михаэлиса) и ее преимущества для интерпретации фармакологических свойств лекарства.
4.4.1 Понятие о мгновенном ингибирующем потенциале (IIP) лекарственного средства и его роли в оценке эффективности лекарственного средства и их (IIP) сравнение для разных АРВП и разных классов АРВП.
4.4.2 Понятие о IIP24 мгновенном ингибирующем потенциале в течение 24 часов после принятия последней дозы лекарства, либо после достижения Cmax от последней дозы лекарства.
4.5 Характеристика кривых (и прямых при применении модели медианного эффекта) «доза – ответ» для DTG в единственном числе, в составе комбинации с другими АРВП и для резистентных к DTG мутантных штаммов ВИЧ.
4.6 Итоговые предположения о причинах неудачи поддерживающей монотерапии DTG DOMONO.

Участник @ilya-antipin написал в Учеными предложена новая модель формы вирусной оболочки ВИЧ-1:

нужно разобраться откуда получено расстояние

Расстояние получено отсюда: Alfadhli A, Barklis RL, Barklis E. HIV-1 matrix organizes as a hexamer of trimers on membranes containing phosphatidylinositol-(4,5)-bisphosphate. Virology. 2009;387(2):466–72

Судя по всему – это вот это расстояние:

Которое авторы нынешнего исследования, судя по всему, проэкстраполировали в такое расстояние:

И на основании него вычислили расстояние между тримерами на плоскости равное 5,21нм:

Или на снимке Альфадли так:

Которое потом пересчитали с плоскости на сферу, выразив его через радиус матриксной сферы:

По всему этому то как раз вопросов нет, здесь все четко (чистые математика и кристаллография). А вот вопрос, почему нынешние исследователи гексагональную структуру, полученную на снимке на плоской фосфолипидной мембране (Альфадли в 2009г), забраковали, но расстояние между тримерами, образующими данные «забракованные» гексагоны/шестиугольники, использовать в своей работе посчитали возможным:

Т.е. такое ощущение, что для того чтобы написать работу (ведь хочется) какие-то исходные данные все же нужны, (а они по этой теме были только в работе Альфадли 2009 года) поэтому примем, что расстояние (равно как и положение друг относительно друга) между тримерами в некорректной гексагональной структуре сферы Альфадли будет корректным и на основании его (5,21nm) предложим другую структуру.)) Л – логика.

И еще один любопытный момент в данной работе. Авторы утверждают, что при обработке в математической модели диаметров сфер вириона в диапазоне от 134 до 135 нм получилось, что в диапазоне диаметров от 134,18нм до 134,78нм количество тримеров матриксного белка в сфере было во всех случаях одинаково и равно 2724 шт:

Т.е. количество тримеров в зависимости от диаметра вириона изменяется волнообразно сериями. Стало быть, при изменении диаметра сферы в определенном интервале увеличение диаметра происходит (в данной модели сферы авторов работы) не за счет увеличения количества тримеров, а за счет увеличения промежутков/пространств между 6-ю лепестками.
Тоже выглядит как-то странно.
Т.е. они хотят сказать, что и масса матрикса у вирионов с диаметром 134,18нм и у вирионов с диаметром 134,78нм будет одинаковой.

Часть №2. Экстремально высокая ВН при низком ИС

Участник @васьвась написал в ВИЧ и психическое здоровье:

Обнаружен новый механизм действия антидепрессантов.

Мне лично, понравился материал, особенно в первоисточнике. Спасибо. Всех сильней, как всегда, заинтересовал предложенный учеными механизм взаимодействий между белком BDNF, рецептором TRKB, холестерином (CHOL) и антидепрессантами АД (например, флуоксетин FLX), положительно влияющий на внутринейронную TRKB-опосредованную сигнализацию. А также отметил для себя предпосылки, которые привели ученых к идее этого исследования.
Ниже, во вложении постарался расписать данные интересные предпосылки и механизм.
BDNF-TRKB-CHOL-PLC-FLX

Сегодня выкладываю часть 3.1, относящуюся к исследованию DOMONO, о котором я начал повествование выше. Часть 3.1 Основные мутации резистентности ВИЧ-1 к DTG и их количественные характеристики.

Участник @ilya-antipin написал в Дженерик Долутегравира Hetgra завалил экзамен на качество:
по поводу значения концентрации раствора сравнения – тут поспорил бы, на глаз отличия не могут тут дать разлета и в 1 мг.
Возможно, Илья Игоревич. Однако распределение dtg внутри таблетки может быть не совсем равномерным (особенно у Хетгры). А помол таблетки в ступке вручную перед забором навески меняет равномерность распределения dtg не радикально (в отличие от “озвученного” раствора, например). При этом навеска, взятая из ступки, у Тивикая и Наивекса составляет 28,2% от массы таблетки, а у Хетгры - всего 12,8%.

Участник @just_one написал в Биологи впервые отследили процесс проникновения ВИЧ в клетки человека:

Так а куда белки из ядра деваются от распавшегося капсида? Я так понимаю, через мембрану ядра не каждая молекула пролезет.

Загуглил слегка. Я так понял, в ядре есть некие экспортные сигнальные белки, которые после того как капсид ВИЧ распался, способствуют выводу из ядра через ядерные поры структурных компонентов капсида - пентамеров р24, возможно, за счёт активного транспорта (если эти пентамеры недостаточно малы для пассивного транспорта), а уже затем в цитоплазме метятся убиквитином и разрезаются в протеасоме клеточными протеазами до цепочек из нескольких аминокислот. А вот импорт не совсем маленького капсида ВИЧ в ядро, похоже, по-любому осуществляется за счёт активного (с затратами энергии) транспорта через поры ядра с привлечением клеточных факторов хозяина.

Пользователь @ilya-antipin написал в ВИЧ и диабет:

@роман слагаемое не может быть больше целого, повторить в нормальной лабе.

Слагаемое TG/2,2 ?
Да, вроде, бьется тут все по формуле Фридвальда в миллимолях:
LDLC = TC - HDLC - TG/2,2

Чтобы не перегружать читателя “простыней”, сегодня выложу только первый из трех подразделов по порогам резистентности Часть 3.3. Technical cut-offs.

@ilya-antipin

Участник @ilya-antipin написал в Дженерик долутегравира Hetgra завалил экзамен на качество:

вот только однородность изучается немного не так

Согласен. Глянул General Chapter 905 USP. Считается через стандартное отклонение выборки от заявленного/номинального содержания.

Участник @ilya-antipin написал в Дженерик долутегравира Hetgra завалил экзамен на качество:

но я понял вашу мысль…

Спасибо.
Участник @ilya-antipin написал в Дженерик долутегравира Hetgra завалил экзамен на качество:

не могу согласиться, что тут стоило бы серьезно закладываться на этот сценарий.

Участник @gremlin написал в Дженерик долутегравира Hetgra завалил экзамен на качество:

Не буду спорить, что вероятность такого расклада невелика

Участник @ilya-antipin написал в Дженерик долутегравира Hetgra завалил экзамен на качество:

Будь там хотя бы 43-45 мг, я бы сказал, что скорее проблем нет или их можно игнорировать, но там поменьше заметно.

В принципе я и не претендовал на то, что у Хетгры нормальные показатели качества, т.к. понятно, что даже при самом оптимистичном сценарии распределения вещества при исходных полученных 38,8мг dtg до 45мг dtg мы бы не вытянули.
Просто, на мой взгляд, более объективно было бы брать изначально для анализа все 3 образца сравнения максимально близкими по массе dtg (исходя из предположения, что в каждой таблетке его по 50мг) к стандартному образцу чистого dtg (8,3мг).
Вот тогда бы точно ни один комар/индус носа бы не подточил.

Тут посетила голову несколько шальная мысль - интересно, а что будет, если, например, в качестве потенциальной вакцины использовать плановые инъекции лабораторного ВИЧ с дефектными интегразой и протеазой? Или же инъекции обычного дикого штамма ВИЧ, но людям на ПрЕПе из ИИ и ИП (более опасный вариант, но более дешевый)?
Т.е. на протяжении определённых периодов времени давать вирусу возможность проходить все стадии репликационного цикла до интеграции в геном клетки (вход, обр. тр-ция, раздевание, вход вирусной ДНК в ядро и хорош). Вызовет ли это более глубокий иммунный ответ организма и даст ли это более разнообразную и бОльшую выработку специфичных антител к ВИЧ, защитных клеточных факторов хозяина (типа APOBEC3G), или выработается ещё какой иной механизм защиты, чем при стандартных инъекциях вирусных антигенов в виде белков ВИЧ?
Или же все же основной иммунный раздражитель это лишь оболочковые белки?
Конечно, при таких инъекциях непонятно, что будет с потерей СD4+T-лимфоцитов происходить из-за их гибели в результате накопления в клетках кучи неинтегрированных обратных транскриптов.
Но, с другой стороны, ведь это временное явление и, возможно, положительные реакции организма и специфическая стимуляция Т-киллеров все же по итогу перевесят временную потерю СD4?

Пользователь @root написал в Артриты и артрозы:

соэ, рф, аццп

вот эти анализы и ещё СРБ самые информативные для диагностики ревматоидного артрита (РА).
И у вас они, судя по всему, в порядке:

Ревматолог сказала, что это серонегативный ревматоидный артрит.

Особенно большую прогностическую ценность для РА несут анализы на АЦЦП и РФ.
А т.к. у вас они оба отрицательные, то, зная их чувствительность и специфичность, можно грубо прикинуть приблизительную вероятность того, что:
а) у вас есть РА;
б) у вас нет РА;
в) соотношение этих вероятностей.

Рассмотрим вариант а). Предположим, что у вас есть РА и оба анализа при этом отрицательные. Тогда, зная, что чувствительность анализа на РФ приблизительно равна 80%, то после его отрицательной сдачи можно ожидать, что вероятность «ложноотрицательного» результата будет равна 20% (100%-80%), а затем после сдачи анализа ещё и на АЦЦП (чувствительность около 70%) вероятность «ложноотрицательного» результата составит уже 6% (20%х(1-0,7)=6%).
Теперь рассмотрим вариант б). Предположим, что у вас нет РА и оба результата анализа отрицательные. Тогда, зная, что специфичность анализа на РФ равна приблизительно 70%, а специфичность анализа на АЦЦП приблизительно равна 90%, то вероятность «истинноотрицательного» анализа будет у вас равняться 90% (то есть здесь берём более специфичный из 2-х анализов).
Таким образом по итогам 2-х данных отрицательных анализов, получается, что вероятность «ложноотрицательного» анализа на РА будет равна 6%, а вероятность «истинноотрицательного» анализа будет равна 90%.
То есть коэффициент вероятностей отрицательных результатов теста здесь будет равен 6/90=0,07 (отношение вероятности получить ложноотрицательный результат к вероятности получить истинноотрицательный результат).
То есть шансы получить «ложноотрицательный» результат по итогам этих 2-х отрицательных тестов будут в 15 раз меньше, чем получить «истинноотрицательный» результат (то есть 1 к 15).
И это при том, что мы здесь не учитываем предтестовую вероятность наличия РА (а она в популяции равна всего-то около 1%).
Однако при этом мы тут считаем, что клиническая картина говорит в пользу РА. Но даже и при этом вот ниже диаграмма, которая также иллюстрирует низкую вероятность (менее 10%) развития/обнаружения РА с течением времени даже при постоянном фоне/присутствии артралгии у пациентов с перманентно отрицательными результатами обоих тестов на РФ и АЦЦП (самая нижняя кривая на диаграмме):

Участник @васьвась написал в Переход с TDF на TAF сопровождается повышением уровня холестерина:

TAF оказался ничем не лучше “старого Тенофовира” в плане вреда для почек и костей

Следует также отметить, что, согласно данному исследованию, среди cхем с бустером в составе (RTV или COBI) TDF все же вызывал большие, чем TAF риски прекращения терапии из-за проблем с почками.
Давайте разберем почему:
TAF и TDF с бустером.

Хотя, лично мне, не совсем понятно по каким критериям министерство будет контролировать, хотя бы то же содержание лекарственного вещества в таблетке. Ведь в ГФ РФ 14изд. от 2018г (гос.фармакопея РФ) нет такой фарм. статьи, как определение содержания лек.в-ва в препарате (есть только однородность дозирования и то, ИМХО, слизанная с USP GC 905).
Вот, например, в ГФ СССР 11изд.1989года, действовавшей до 2008г, есть обе методики и по содержанию:
“Определение содержания лекарственных веществ в таблетках.
Подготавливают навеску растертых таблеток (не менее 20 шт.), для таблеток, покрытых оболочкой, испытания проводят из определенного числа таблеток, указанного в частных статьях. Отклонения в содержании лекарственных веществ должны составлять при дозировке лекарственных веществ до 0,001 г ±15%; от 0,001 до 0,01 ±10%; от 0,01 до 0,1 ±7,5%; от 0,1 и более 2 ±5%, если нет других указаний в частных статьях.”
и по однородности:
“Испытание однородности дозирования.
Проводят для таблеток без оболочки с содержанием 0,05 г и менее лекарственного вещества и для таблеток, покрытых оболочкой, с содержанием лекарственного вещества 0,01 г и менее. От серии, подлежащей испытанию, отбирают пробу таблеток в количестве 30 шт. В каждой из 10 таблеток определяют содержание лекарственного вещества. Содержание лекарственного вещества в одной таблетке может отклоняться не более чем на ± 15% от среднего содержания и ни в одной таблетке не должно превышать ±25%. Если из 10 испытанных таблеток 2 таблетки имеют отклонения содержания лекарственного вещества более чем на ±15% от среднего, определяют содержание лекарственного вещества в каждой из оставшихся 20 таблеток. Отклонение в содержании лекарственного вещества ни в одной из 20 таблеток не должно превышать более чем ±15% от среднего.”
Все четко и по делу было.
А сейчас…как контролировать содержание лек. в-ва, например? По международной фармакопее, как страны 3-го мира, у которых нет своей фармакопеи?

Пользователь @васьвась написал в Окончательное решение вопроса ВИЧ-инфекции:

CRISPR-Cas9-

Может и у меня, эндогенный поработал? Чисто предположение.

Навряд ли). Т.к. если бы такой механизм существовал, то он бы резал все провирусы ВИЧ без разбора (лишь бы имели целевую последовательность нуклеотидов) и тогда такого закономерного распределения провирусов среди интактных/дефектных, в эухроматине/гетерохроматине бы не наблюдалось у ЭК.
Скорее все же у тебя, стандартный для ЭК качественный ответ ВИЧ-специфичных CD8+ T-клеток преобладает.

Пользователь @root написал в Артриты и артрозы:

СОЭ 4 мм/ч,
РФ < 20 МЕд/мл
СРБ 0,5 мг/л
АЦЦП 1 ед/мл

Анализы здесь, скорее, опровергают, чем подтверждают РА.
А вот:

АНФ (hep-2) 1:160. Цитоплазматический тип.
Боль чувствуется здорово так. Иногда просыпаюсь из-за нее ночами.

наводит на мысль, что неплохо бы проверить на полимиозит, так как хоть и титр 1:160 АНФ небольшой и он может детектироваться и у 10% здоровых, но цитоплазматический тип свечения характерен, как раз, для полимиозита/дерматомиозита и артралгии и мышечные боли туда же.
Я бы поэтому на вашем месте ещё сдал бы тогда на КФК и анти-Jo-1, чтобы подтвердить/опровергнуть полимиозит.

Спасибо!Возьму все самые худшие сценарии, в том числе псевдонеобратимое связывание с белками плазмы крови дтг в размере 99,3%, резервуары ВИЧ в пересчете на всю жидкую фазу организма человека и прочее))Дерзну.

Пользователь @васьвась написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

Ученые выяснили, почему элитные контроллеры способны подавлять ВИЧ без терапии.
https://life4me.plus/ru/news/e-litnyie-kontrolleryi-8354/
В процессе исследования ученые сделали несколько важных открытий:

1. Одна из основных особенностей контроллеров — это мощный иммунный ответ.
2. В геноме таких людей находятся латентные вирусные генетические последовательности (провирусы). Провирусы, как правило, спрятаны в отдаленных частях хромосом, где у них нет возможности размножаться, но в то же время там они могут быть обнаружены «иммунными силами».
3. Провирусы у элитных контроллеров имеют меньше мутаций, чем у пациентов, нуждающихся в АРВ-терапии. А мутации, как известно, активно развиваются, чтобы помочь вирусу избежать реакции иммунитета.

Здесь хотелось бы несколько подкорректировать и дополнить адаптацию исследования life4me+.

Во-первых, термин «почему» здесь все же не совсем корректно употреблять ко всем 3 пунктам.
По сути, он относится только к 1-му пункту. Т.е. причина элитного контроля - это мощный и продуктивный иммунный ответ на ВИЧ-инфекцию. А вот пункты 2 и 3 в адаптации выше - это следствие пункта 1, т.е. следствие давления иммунного ответа ЭК.

Во-вторых, по пункту 2 адаптации: в оригинальной статье говорится о том, что именно интактные провирусы ЭК часто находились в гетерохроматине (т.е. транскрипционно-неактивных участках ДНК, или как их назвали в life4me+ «отдалённых частях хромосом»), а вот дефектные провирусы ЭК, напротив, часто находились в эухроматине (транскрипционно-активных участках ДНК).
И тут, как раз, все очень логично объясняется тем, что это именно следствие иммунного давления ЭК, т.к. клетки с реактивирующимися интактными провирусами из эухроматина ЭК эффективно уничтожаются Т-киллерами (CD8+ T-клетками), а клетки с дефектными провирусами в эухроматине сохраняются, не тронутые Т-киллерами (хотя, кстати, теоретически, такие провирусы могут экспрессировать белки ВИЧ).

В-третьих, по пункту 3 адаптации: речь в оригинале шла именно о мутациях «побега» от СD8+ T-клеточного и «антительного» ответов ЭК, т.е. мутациях в тех фрагментах белков ВИЧ, которые распознаются человеческими лейкоцитарными антигенами 1 класса (НLA) и презентируются Т-киллерам. И соответсвенно такие «мутации побега» в этих фрагментах (эпитопах) позволяют избежать контакта данного эпитопа с HLA-B внутри инфицированной клетки и выноса (экспрессии) данного эпитопа на поверхность данной инфицированной клетки для презентации Т-киллерам, которые данную клетку «убьют».
С мутациями побега от антительного ответа в фрагментах белков ВИЧ, ответственных за взаимодействие с антителами - ситуация аналогичная.
И тут тоже все выглядит логичным, т.к. у ЭК, в целом, меньше резервуары ВИЧ, а следовательно, и меньше выборка для формирования мутаций побега, а также, собственно, потому, что у ЭК, у которых контроль сохраняется, вполне логично, что и мутации побега от их иммунного ответа пока не развились, в достаточном количестве, в отличие от АРВТшников, которым эти мутации никак не мешают «глушить» таких реактивировавшихся мутантов терапией.

В общем, по итогу, основная причина элитного контроля - все же особенности иммунного ответа ЭК (в основном ВИЧ-специфичных СD8+ T-клеток).

Пользователь @васьвась написал в ВИЧ и диабет:

Триглицериды входят в показатель общего холестерина. Как они могут быть выше общего?

В анализе на липидный профиль они (триглицериды - ТГ) входят туда лишь для косвенного определения холестерина, связанного с липопротеинами очень низкой плотности (ЛПОНП). Т.к. считается, что соотношение триглицеридов к холестерину внутри частиц ЛПОНП более-менее постоянно и равно в 2,2 к 1 миллимолях или 5 к 1 в миллиграммах.

Напрямую же, в условиях рутинной лабораторной практики без проблем можно определять лишь общий холестерин и холестерин, связанный с липопротеинами высокой плотности (ЛПВПХ).
Поэтому холестерин, связанный с ЛПНП определяют в итоге по эмпирической формуле:
ЛПНПХ = ОХ – ЛПВПХ – ТГ/2,2 (ммоль/л) или
ЛПНПХ = ОХ – ЛПВПХ – ТГ/5 (мг/дл)
А так как соотношение триглицеридов к холестерину внутри ЛПОНП среди липопротеинов ЛПНП, ЛПВП и ЛПОНП самое высокое

то при большой доле ЛПОНП среди вышеуказанных липопротеинов уровень триглицеридов вполне спокойно может быть больше общего холестерина.

@ilya-antipin Да, Илья Игоревич, очень бы хотелось, чтобы Вы порадовали нас, как всегда емко и кратко, актуальными на сегодня, полученными на современных режимах, заморскими циферками (%) по диапазону «приверженность-резистентность».
Вот, что, например, удалось мне сформировать и сформулировать на основании книги д.б.н. Бобковой М.Р. «Лекарственная устойчивость ВИЧ», выпущенной в 2014 году:
Общая картина при применении ВААРТ (получена по состоянию на 2014 год в основном при анализе схем с небустированными ИП) по диапазону зависимости «приверженность-резистентность»:
0_1570696549076_Общая картина.docx
Основные закономерности и факторы, влияющие на зависимость приверженность-резистентность, а также усредненные диапазоны (на 2014 год) основных классов АРВ препаратов:
0_1570696643705_Основные закономерности и усредненные диапазоны.docx