Участник @ilya-antipin написал в Вопросы по ДКП:

Участник @сергей45634 написал в Вопросы по ДКП:

Есть ли для этого какие-то причины, кроме сниженной токсичности?

Нет, принцип достаточности.

Это можно интерпретировать приблизительно так? ->
Т.к. ДКП принимается ДО вероятного инфицирования, то нам достаточно и логичнее «заблочить» ранний этап репликации – обратную транскрипцию (следующую после этапов слияния и «раздевания»), чтобы с максимальной вероятностью исключить дальнейшее распространение вируса (т.е. если бы мы еще бахнули ингибитор слияния, до кучи, то вышло бы еще надежнее, но избыточно).
А т.к. ПКП принимается ПОСЛЕ вероятного инфицирования, то т.к. существует вероятность, что часть вируса уже «проскочила» этап обратной транскрипции, то мы «якорим»/усиливаем схему инигибиторами интегразы, либо протеазы с целью «заблочить» дальнейшие этапы производства «проскочившего» обр. тр-цию вируса – интеграцию вирусной ДНК в ДНК хозяина и созревание вириона соответственно (именно поэтому ПКП рекомендуют начать как можно раньше после риска). А т.к. также есть вероятность того, что уже создался определенный процент вирионов, прошедший и стадию интеграции, то, стало быть, есть вероятность того, что часть инфицированных CD4+лимфоцитов уйдет «в спячку» и для возможности при их активации ликвидировать их вирусное потомство ПКП назначают хотя бы на 28 дней (за неимением иных исследований), чтобы в значительной мере минимизировать шансы на поражение ВИЧ-инфекцией организма в итоге.

Участник @васьвась написал в Коронавирусная инфекция:

Вот этот невероятный феномен: «В Москве почти 85% зараженных коронавирусом младше 65 лет. В столице по состоянию на утро 6 апреля выявлен 591 случай заражения. Среди новых больных 264 человека — в возрасте от 18 до 45 лет , 204 человека — от 46 до 65 лет, 70 человек — от 66 до 80 лет, 23 человека — старше 80 лет. Кроме того, вирус выявлен у 30 детей.

На самом деле как в Нью-Йорке без карантина фактически)). Если сравнить с приведенной ИИ выше табличкой по Нью-Йорку, то:

А вот, что еще интересно, что процент смертей в Италии и Испании от числа заболевших COVIDом более чем в 2 раза превышает таковой в Нью-Йорке [наверное, процент зараженных (и не только) старичков в Италии и Испании кратно больше, чем в продолжающем работать NY].

Участник @васьвась написал в Коронавирусная инфекция:

Во сколько раз надо умножить эти цифры для понимания что получилось бы там без введения карантина?

Если справедливо утверждение, что в штате Нью-Йорк цифры получены при отсутствии карантина, то теоретически (с учетом идентичной степени распространения инфекции без карантина с Нью-Йорком и без учёта знания, кто из них на какой стадии распространения инфекции находится в данный момент) - в Испании в
8152/3277~2,5 раза, а в Италии в 8152/2375~3,5раза.

@gremlin «перезалил» файл, отредактировав комментарий к последним графикам-конечно же там по оси «доза» логарифмическая шкала IC, а не FC.😁Сорри.

Чтобы не перегружать читателя “простыней”, сегодня выложу только первый из трех подразделов по порогам резистентности Часть 3.3. Technical cut-offs.

Добрый день. Воспользовавшись чуть большим свободным временем на карантине, сегодня выкладываю следующую часть 3.2 рассказа по итогам DOMONO, согласно содержанию в начале данной темы форума.
Часть 3.2. Понятие кратности резистентности Fold Change, а также концентрации, ингибирующей репликацию ВИЧ на 50% IC50.

@ilya-antipin Спасибо за материалы. С Вашего позволения накину еще пару-тройку подробностей из первого (французского) исследования:
I. Учитывая данные о том, что среди пациентов с вирусологической неудачей 30% (9 из 30 «неудачников») в группе DTG/RPV имели историю неудач на базе ННИОТ, а 33% (5 из 15 «неудачников») в группе DTG/xTC имели историю неудач на базе НИОТ, а также зная входные данные:

на основе данного исследования можно прикинуть вероятность потерпеть вирусологическую неудачу при переходе на двойные режимы DTG/RPV и DTG/xTC в случаях, если у вас был опыт неудач в прошлом с ННИОТ или НИОТ соответственно, либо в случае, если такового негативного опыта не имелось:

1. Группа DTG/xTC:
   а) общее кол-во пациентов – 575;
   б) общее кол-во пациентов с историей неудач на базе НИОТ – 108;
   в) общее кол-во вирусологических неудач – 15;
   г) кол-во пациентов из числа «неудачников», которые имели проблемы с НИОТ в прошлом – 5;
   д) кол-во пациентов из числа «неудачников», которые не имели проблемы с НИОТ в прошлом – 10;
   е) получается, согласно данному исследованию, если у вас были проблемы с НИОТ до этого, то вероятность «влететь» на двойном режиме DTG/xTC у вас будет равняться (5/108)х100% = 4,6%;
   ж) если у вас не было проблем с НИОТ до этого, то вероятность «вляпаться» в неудачу у вас составит [10/(575-108)]х100% = 2,1%.
2. Группа DTG/RPV:
   берем данные из таблицы 1 выше и считаем аналогично п.1:
   а) вероятность «залета» с историей неудач на ННИОТ будет равна(9/90)х100% = 10%;
   б) вероятность «залета» без истории неудач на ННИОТ будет равна[(21/(799-90)]х100% = 3%.
   II. Интересно отметить, что из 30 неудачников в группе DTG/RPV (два подряд замера более 50 копий/мл, либо один замер более 400 копий/мл РНК ВИЧ в плазме) выбыло из исследования только 17, остальные 13, как я понял, продолжили данный двойной режим и в последующем добились вирусологической супрессии.
   
   а из 15 неудачников в группе DTG/xTC 6 выбыло из исследования, а остальные 9 продолжили данный двойной режим и также добились вир. супрессии, в том числе пациент с зафиксированной мутацией устойчивости к xTC M184V.
   
   III. Среди побочных эффектов, из-за которых пациенты прекращали двойной режим на базе DTG 1-е место заняли проблемы с ЦНС
   
   Однако общая частота их развития составила скромные 3,9% в группе DTG/RPV и 3,3% в группе DTG/xTC.

Сегодня выкладываю часть 3.1, относящуюся к исследованию DOMONO, о котором я начал повествование выше. Часть 3.1 Основные мутации резистентности ВИЧ-1 к DTG и их количественные характеристики.

Участник @васьвась

Если в иммунограмме одни лимфоциты СД4, то поделить можно. А если туда попадают и другие клетки, то будет не точно.

По идее, если в анализе лаба смогла выделить и CD4+ и CD8+ Т-лимфоциты, которые идентифицируются сочетанием маркёров CD45+CD3+CD4+ либо CD45+CD3+CD8+, то значит сперва выделяли CD45+CD3+ клетки, а затем из них CD4 (и CD8), а прочая «шелуха», не имеющая маркёра CD3, но имеющая маркёр CD4, типа моноцитов, макрофагов и др. была отсечена таким образом.

Участник @васьвась написал в Как часто следует исследовать иммунный статус (ИС)?:

У меня другой вопрос был.

Позже увидел твоё сообщение. Сорри.

Участник @ilya-antipin написал в Как часто следует исследовать иммунный статус (ИС)?:

Так… а в чем вопрос то был?

Можно ли, тупо, взять и поделить количество CD4+ Т-лимфоцитов (0,385х10^9 кл/л) из анализа на количество лимфоцитов из ОАК (найденное, как доля от количества лейкоцитов из ОАК, т.е. 0,37х4,9х10^9 кл/л = 1,81х10^9 кл/л), получив таким образом искомый % CD4 = (0,385х10^9/1,81х10^9)х100% = 21,3%?

@серый эффективна. Естественно, чуть поменее надёжна, чем тройная, но данной надёжности хватает для подавляющего большинства случаев.

@васьвась общий - да. Но с разбивкой по CD4 - существенно. 93% удач на тройной против 93% удач на двойной среди «овердвухсотых» и 93% удач на тройной против 79% удач на двойной среди «андердвухсотых» на 48 неделе, к примеру. На 96-ой неделе тоже приличная разница среди CD4<200.

Участник @васьвась написал в Ранний старт АРВТ – ключ к успеху монотерапии долутегравиром?:

А зачем в гайдах пишут > 200 клеток?

Возможно, из-за результатов Gemini, где процент неудач был значительно выше в «двойной» группе, чем в «тройной» именно среди пулов с CD4 < 200 кл/мкл (хотя и по причинам, не связанным с неэффективностью терапии/резистентностью).

@asv
Да

@asv

Участник @vovan3103 написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

что значит ВИЧ негативные.

Ок, приму за чистую монету - это значит, люди без вич.

@васьвась

Какую дозу аторвастатина взять?
И что там с противовоспалительным эффектом, он сработает in vivo?

В вышеуказанном исследовании in vivo при применении максимально рекомендуемой дозировки аторвастатина в 80 мг/сутки были зафиксированы следующие показатели снижения активации иммунной системы: снижение количества CD4+ HLA-DR+ T-лимфоцитов (активированные CD4+ Т-лимфоциты с маркером активации в виде протеина HLA-DR на поверхности) на 2,5%; снижение количества CD8+ HLA-DR+ T-лимфоцитов (активированные CD8+ Т-лимфоциты с маркером активации в виде протеина HLA-DR на поверхности) на 5%; снижение количества CD8+ HLA-DR+ CD38+ T-лимфоцитов (активированные CD8+ Т-лимфоциты с маркерами активации в виде протеина HLA-DR и гликопротеина CD38 на поверхности) на 3%.
Т.е. показатели снижения системного воспаления оказались не так, чтобы очень высокими.
Поэтому, по моему скромному мнению, если нет проблем с холестерином, то пить аторвастатин только ради снижения воспаления я бы не стал (ИМХО, примерно то же, что при отсутствии аллергии пить Цетрин для лучшего сна из-за его легкого седативного эффекта).

Участник @васьвась написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

Какую дозу аторвастатина взять?
И что там с противовоспалительным эффектом, он сработает in vivo?

Вот тут точно не подскажу. Ни там, ни там не компетентен.

впервые слышу о ингибиторе циклин-зависимой киназы Р21

Спасибо, @васьвась, заставил “попотеть”.

Участник @васьвась написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

Пора всем пить аторвастатин, а ЭК - особенно? Снизит ли аторвастатин ВН, поднимет ИС

Если максимально коротко, то in vitro и ex vivo – да, а вот in vivo – нет, ИМХО.

Ну, а если чуть поразвернутей (надеюсь, дочитают больше 2 - 3-х человек)), то:

Для начала разберем, что за «зверь» ингибитор циклинзависимой киназы р21.

При транскрипции с минус-цепи (матричной) ДНК в мРНК, осуществляемой РНК-полимеразой II (в нашем случае) РНК-полимераза II сначала осуществляет инициацию роста мРНК в области промотора (небольшой участок ДНК, с которым связывается полимераза и с которого начинается синтез мРНК). Далее при успешном преодолении этапа инициации (иногда происходят «аборты» и первые неустойчивые растущие цепи РНК из 3-х – 10-и первых нуклеотидов отщепляются и отваливаются от РНК-полимеразы II и она начинает инициацию заново) полимераза иногда (в нашем случае) попадает в «ловушку» в так называемой проксимальной (ближней) области ДНК в районе промотора (т.е. в начале копируемой цепи ДНК происходит «проксимальная пауза» роста мРНК) и для того, чтобы результативно продолжить (а не «сбросить» неполноценную цепь) процесс роста мРНК (элонгироваться) РНК-полимеразе и еще паре белковых факторов необходимо перейти в активное состояние и «профосфорилироваться», т.е. присоединить к себе фосфаты. Данный процесс фосфорилирования осуществляет позитивный транскрипционный фактор удлинения/элонгации b р-TEFb. Но для этого данному элонгационному фактору нужна помощь других молекул. Вот тут мы и приходим к ингибитору циклинзависимой киназы СDK (белковый фермент, который участвует в смене фаз клеточного цикла, а также регулирует транскрипцию и процессинг мРНК) р21.

Данный ингибитор-пептид р21 (его продукция/экспрессия в клетках человека осуществляется (и соответственно кодируется) геном CDKN1A) ингибирует активность циклинзависимой киназы CDK9 (связываясь с комплексом CDK9+циклин), которая активируется тогда, когда в клетке накапливается определенная критическая концентрация циклинов (белков-активаторов) и они (циклины) связываются с ней. Активированный гетеродимер циклин+CDK9 далее, в свою очередь, присоединяется к позитивному транскрипционному фактору удлинения b р-TEFb для РНК-полимеразы II. И далее комплекс циклин+CDK9+р-TEFb фосфорилирует (за счет фосфатов отщепленных до этого киназой у АТФ) С-концевой домен большой субъединицы РНК-полимеразы II (и еще фосфорилирует пару факторов DSIF и NELF), которая за счет этого теперь может результативно продолжить транскрипцию матричной РНК (мРНК) с минус-цепи ДНК клетки (после проксимальной промоторной паузы/ловушки). В том числе данный механизм распространяется и на транскрипцию вирусной (ВИЧ) мРНК из провирусной ДНК. Поэтому ингибитор р21, связываясь с комплексом циклин+CDK9, блокирует его активацию и, как следствие, весь этот вышеописанный процесс.

Иными словами, ингибитор р21 в конечном счете ингибирует синтез мРНК ВИЧ из интегрированной провирусной ДНК в составе ДНК клетки человека. Т.е., если еще проще, ингибирует репликацию ВИЧ.

Теперь для начала разберем первую статью о влиянии р21 на репликацию ВИЧ в CD4+ Т-лимфоцитах элитных контроллеров.

1. Для начала ученые провели анализ виремии у участников исследования из 4-х групп: ЭК, виремические контроллеры ВК (медиана 259 копий/мл), ВИЧ-прогрессоры и ВИЧ-негативные. Вполне ожидаемо выявили значительную разницу между ними по процентам зараженных Т-лимфоцитов, и копиям антигена (в виде капсидного белка) р24.
2. Далее ученые отсекли остальные факторы, которые могут влиять у ЭК и ВК на контроль виремии (CD8+ клетки убрали, оценили разницу в активации клеток и пр.), инфицирование проводили и Х4- и R5-тропными штаммами.
3. Затем определили происходят ли данные различия на ранних стадиях (для этого измеряли количества поздних обратных транскриптов LRT (т.е. тем самым оценивали разницу в эффективности обр. транскрипции), уровни интегрированной ДНК (т.е. тем самым оценивали разницу в эффективности интеграции) и уровни транскриптов мРНК (т.е. тем самым оценивали разницу в эффективности транскрипции мРНК ВИЧ из провирусной ДНК)) в однораундовом цикле репликации.
4. Затем зафиксировали повышенные количества у ЭК и ВК фрагментов мРНК, кодируемых геном CDKN1A и соответственно уровни ингибитора р21.
5. Затем оценили влияние уровней р21 на репликацию и выявили зависимость пониженной репликации в зависимости от повышения уровней р21.
6. Затем определили влияние р21 на уровни LRT, инт.ДНК ВИЧ и мРНК CDKN1A для этого ингибировали ингибитор р21 и наблюдали повышение уровней LRT, инт.ДНК ВИЧ и мРНК CDKN1A.
7. Затем на основании сравнения соотношений инт.ДНК ВИЧ /LRT, мРНК/LRT, мРНК/инт.ДНК до ингибирования р21 и после ингибирования р21 у ЭК и ВИЧ-негативных определили, что р21 влияет на уровни LRT и мРНК. Стало быть, вывод, что повышение уровня р21 понижает обратную транскрипцию и транскрипцию мРНК ВИЧ, но не влияет на интеграцию.
8. Также экспериментально определили, что р21 связывается с CDK9 и что за счет этого тормозит деятельность р-TEFb (интересно, на мой взгляд, они проделали такой вывод: взяли заингибировали р21 и сравнили количество проксимальных (ближних) транскриптов мРНК и количество дистальных (дальних) транкриптов мРНК до ингибирования и после и определили, что проксимальные фрагменты мРНК увеличились в 2 раза, а дистальные в 6 раз после блокировки р21, т.е. вывод такой, что именно элонгация влияет на транкрипцию мРНК (т.е. паузы в элонгации транскрипции сильнее влияют чем паузы инициации)).

Итого, в сухом остатке: ученые на моделях in vitro и ex vivo определили, что у ЭК и ВК имеются повышенные уровни ингибитора р21 и что они ощутимо влияют на пониженную репликацию ВИЧ в том числе (наряду с другими факторами у ЭК). Также отметили, что повышенные уровни р21 влияют на обр. транскрипцию и на транскрипцию, однако признали, что механизм торможения обр. транскрипции в отличие от транскрипции объяснить не могут. Признали также, что неясно эта особенность у ЭК (повышенный уровень р21 в клетках) врожденная или приобретенная в результате ВИЧ-инфекции.

Теперь перейдем к аторвастатину:
По аторвастатину в условиях in vitro ученые также доказали, что:

1. Его влияние на понижение репликации ВИЧ в CD4+ Т-лимфоцитах.
2. Его влияние на повышение уровня ингибитора циклинзависимой киназы р21 в CD4+ Т-лимфоцитах.
3. Его влияние на понижение репликации ВИЧ вызвано его воздействием по мевалонатному пути на повышение уровня ингибитора циклинзависимой киназы р21 в CD4+ Т-лимфоцитах.

Выводы: и все бы ничего, т.е. результаты 1-го и 2-го исследования вроде бы показали, что:

1. у ЭК, как минимум, частично контроль над репликацией ВИЧ вызван повышенными уровнями р21 в клетках
2. и что применение аторвастатина также должно повышать его (р21) и, как следствие, понижает репликацию ВИЧ.
3. но вот результаты данного 8-и недельного рандомизированного исследования уже в условиях in vivo показали, что там аторвастатин не влияет на понижение вирусной нагрузки. Т.е., значит, есть вопросы и по влиянию р21 на понижение ВН и его метаболизму в условиях живого человеческого организма.

P.S. ну а касательно целесообразности применения аторвастатина у ЭК, даже если не брать в расчет последнее обозначенное исследование и предположить, что он (аторвастатин) влияет на повышение ингибитора р21 in vivo, то получается следующая картина:

1. У ЭК и так имеется повышенный фон р21 в организме.
2. Имеются данные, что повышенный фон р21 в клетках ЭК , частично, наряду с другими факторами организма ЭК, понижает виремию ВИЧ.
3. Таким образом, добавляя аторвастатин, мы стремимся повысить и без того повышенный уровень р21 у ЭК в надежде добиться еще лучших результатов по понижению репликации ВИЧ в латентно-инфицированных клетках. Т.е. предположим, вклад повышенного уровня р21 у ЭК в контроль над ВИЧ-инфекцией составляет 30%. Предположим, что мы, добавив аторвастатин, добились еще повышения уровня р21 на 20%, то получится общий вклад в контроль над ВИЧ-инфекцией увеличится у ЭК на 0,3х0,2х100% = 6%. Всего-то.