Биологи впервые отследили процесс проникновения ВИЧ в клетки человека
-
Участник @gremlin написал в Биологи впервые отследили процесс проникновения ВИЧ в клетки человека:
Однозначно, считаю, что разнообразие было бы намного выше при существовании такого «разновирионнорекомбинантного» механизма.
Интуитивно – да. Но я погонял эту мысль так и сяк, и что-то стал сомневаться. Пока не готов обсуждать, думать нужно, рисовать и прикидывать.
-
Участник @ilya-antipin написал в Биологи впервые отследили процесс проникновения ВИЧ в клетки человека:
А точность обратной транскриптазы мы здесь игнорируем?
Ни в коем случае. Без ошибок обратной транскриптазы рекомбинация была бы почти бессмысленной с точки зрения образования различных мутантов (в том числе мультирезистентных) и гетерогенности популяции ВИЧ. Почти, потому что и сама рекомбинация в виде прыжков обратной транскриптазы с шаблона РНК на шаблон может служить причиной делеций и вставок. Но какое отношение точность обратной транскриптазы имеет к самому непосредственному образованию гетерозиготных вирионов, кроме того, что она основная изначальная причина существования разных геномов ВИЧ- материалов для гетерозигот?
Но я, наверное, уловил Вашу мысль. Вы, вероятно, имели в виду, что невысокая точность обратной транскриптазы ВИЧ может нивелировать значение рекомбинации в развитии генетического разнообразия ВИЧ и, как следствие, в возникновении полирезистентных штаммов ВИЧ.
Сколько там… 5-10 на 9000 помню, 1/1700 замен/добавлений/делеций помню цифру…
Это, по-моему, старенькие данные.
Если даже взять Вашу же свежую ссылку (интересная кстати статья о влиянии на конечную оценку точности ревертазы ВИЧ точности транскрипции шаблона РНК для дальнейшего его использования под обратную транскрипцию ревертазой ВИЧ).Ну, или тут почитать можно.
то там получается «differences in fidelity between the studied RTs with error rates ranging within 2.5 × 10−5 and 3.5 × 10−5», т.е. от 1 ошибки на 40000 нуклеотидов до 1 ошибки на 28571 нуклеотидов.
Правда, это в условиях in vitro, но в in vivo вот ребята в 2015г. тоже проводили расчет и у них получилось «This reveals an extremely high mutation rate of (4.1 ± 1.7) × 10−3 per base per cell.»
Но, затем выясняется, что «We show that the HIV-1 reverse transcriptase contributes only 2% of mutations, whereas 98% result from editing by host cytidine deaminases of the A3 family.» Т.е. те же порядки получаются, что и в исследовании по Вашей ссылке in vitro, а именно = (8,2 ± 3,4)×10-5 на нуклеотид, т.е. где-то в среднем 1 ошибка ревертазы на 12000 нуклеотидов.Но, в принципе, эта точность обратной транскриптазы не так уж сильно и важна для нашей дискуссии.
Даже если мы возьмем 1 – 2, или чуть больше ошибок на геном (геном ВИЧ около 10000 нуклеотидов), то все равно вероятность того, что ревертаза совершит 2 ошибки на геном в нужном нам месте нужным образом (с заменой исходной дикой аминокислоты на нужную нам) чрезвычайно низка. А вот при рекомбинации вероятность совместить эти 2 мутации (пусть из-за предварительных ошибок ОТ) в одном будущем провирусе гораздо выше, с учетом того, что ревертаза прыгает с шаблона на шаблон РНК по 5 – 10 раз за обратную транскрипцию.
Например, возьмем 2 мутации устойчивости к разным классам препаратов M184V в гене обратной транскриптазы и R263K в гене интегразы. Между этими позициями в геноме 1915 нуклеотидов. И представить себе, что ОТ ошибется именно в 2-х этих позициях нужным образом довольно сложно (пусть и последовательным наложением мутаций), а вот представить, что при вышеуказанной частоте прыжков с одного мутантного шаблона на другой мутантный шаблон при рекомбинации ей перескочить на интервале в 2000 (если точнее 1915) нуклеотидов из 10000 вполне вероятно (можно даже скакануть на этом интервале не один раз, главное нечетное число). И тут бы мы сходу получили полирезистентный штамм, а если бы существовала межвирионная рекомбинация, то достаточно быстро бы получили такой результат.
А вот при внутрикапсидной рекомбинации нам бы пришлось долго ждать пока 2 наших мономутанта, вышедшие из разных клеток, войдут в одну и ту же клетку и именно оба успешно встроят свои ДНК в один-единственный геном этой клетки (таких клеток, напомню, около 10%). И потом именно гетерозиготные отпрыски из этой клетки выживут, успешно рекомбинируют нужным образом и успешно встроят свой рекомбинантный геном в клетку-мишень. -
Тут осенило, Илья Игоревич. Возможно, в своём предыдущем сообщении я не совсем верно интерпретировал Ваш вопрос.))
@Ilya-Antipin:А точность обратной транскриптазы мы здесь игнорируем?
Вы, возможно, имели в виду ровно вот это в моем тезисе:
@Gremlin:Гетерозиготы ВИЧ могут появляться ТОЛЬКО при условии наличия сразу не менее 2-х разных провирусных ДНК в геноме инфицированной клетки.
Тогда мой ответ был бы значительно короче)):
@Gremlin:Гетерозиготы ВИЧ могут появляться только при условии наличия сразу не менее 2-х РАЗНЫХ провирусных ДНК в геноме инфицированной клетки.
Т.е. ни в коем случае не игнорировал ошибки ОТ при обр. тр-ции.
-
@gremlin проблема еще и в том, что основная масса исследований у нас основана на не очень точных данных по оценки интеграций. QVOA тут не валиден (дорого, нужно реактивировать все провирусы)… далее считали копии, но не убеждались в их целостности – тоже плохая дата. Мы к 2020 толком не знаем большую дату по числу провирусов, способных реактивировать и выделять новые вирусы, не говоря о том, как это соотносится с множественными интеграциями, а к ним еще вопросы есть и не только по целостности, но и по параметрам реактивации для разных сайтов интеграции. Мы знаем, что сайты не случайны и не равны. А как? Не очень. 80% интеграций происходит в 40% генома, но интроны и экзоны представлены вполне себе в сайтах тех. При этом оценки 13 и 16 годов – 98% дефектных провирусов. Вообще непонятно, что там с математикой общей тогда. Роль персистирующих клонов и роль провируса в управлении клональной экспансии, размеры клонов в миллионы клеток, при очень низких параметрах активированных… это вжжж неспроста. И явно что-то сильно отличается в начале и финале заболевания, а как? А в латентноф фазе опять же. А АРВТ… дохрена вопросов, и ответы на часть из них тольо множат вопросы. Но это я в сторону отошел уже.
Это, по-моему, старенькие данные.
Очень. Я знаю. Потому с лениниским прищуром к ним. И вообще все эти новые данные сильно меняют картину мира, и я бы предпочел подождать 2-3 года, прежде чем пытаться начать дальше смотреть этот сериал.
Вот простой вопрос: если мутация устойчивости находится в дефектном провирусе, но дефект не накрывает большой фрагмент, ген пусть целиком, условно, Nef там какой дефектный, но ген с той самой мутацией или мутациями другой, и где-то тут есть и целостная интеграция, то что дальше? Потерян ли полностью доступ к мутациям? Вся магия сплайсинга где, когда, из откуда…
Меня уже давно подмывает написать текст с заголовком «Наташа, проснись, мы все переписали»… но как-то пока не уложилось на уровне синопсиа даже.
-
@ilya-antipin в один день вышли сразу два интересных исследования. Первое - определенные комбинации из 8-10 белков позволяют надежно идентифицировать клетки резервуара, способные вызвать активную инфекцию.
https://www.amfar.org/HIV-Reservoir-Cells/
Мне кажется это серьезный шаг вперёд. Ранее не было известных маркеров, позволяющих отделить инфицированные клетки от здоровых.
Второе - для активизации вируса необходима комбинация из нескольких LRA. Одни эффективны для активизации резервуаров вируса в крови, вторые - в тканях, третьи - в лимфатических узлах.
https://www.amfar.org/Blood-and-Gut-Respond-Differently-to-Virus-Activators/
-
Участник @авб написал в Биологи впервые отследили процесс проникновения ВИЧ в клетки человека:
Мне кажется это серьезный шаг вперёд.
Очень непонятно как это знание применить. Устроить аутоиммунную атаку на них? Ну, такое… Сделать вектор, который будет делать действие по наличию этих белков – не умеем пока и мутно тут все. Хорошее знание, но, боюсь, что пока бесполезное, тем более, что речь о кучке фенотипических кластеров, т.е. ничего универсального тут не сварить по определению. Для исследований эти сортировки занятная штука, там применимость может дать что-то косвенно.
Второе – вообще не могу оценить значимость, тканевые различия и так были понятны, ну, вот так оно.
-
Молекулярное моделирование показало, как ВИЧ уклоняется от иммунной системы
Ученые смогли смоделировать процесс заражения ВИЧ. Эксперты надеются, что открытие поможет в разработке новых методов лечения. Работа опубликована в Proceedings of the National Academy of Sciences.Вирусы ВИЧ-1 — это эволюционный результат редкой успешной передачи вируса иммунодефицита обезьян (ВИО) человеку. Поскольку люди не восприимчивы к ВИО, ученые задались вопросом, как пандемическая группа ВИЧ способна уклоняться от иммунной системы человека. Существуют также другие, непандемические штаммы (группы ВИЧ-N, ВИЧ-O и ВИЧ-P), они очень редки и были обнаружены лишь у нескольких человек в Западной Африке.
Особое внимание эксперты уделяли TRIM5α — белку, который содержится в клетках большинства приматов и эффективен против различных инфекций и ретровирусов.
TRIM5α связывается с капсидом — оболочкой, в которой заключен вирусный геном. Активность этого белка частично зависит от циклофилина А (CYPA), другого белка, обладающего каталитическими свойствами, то есть способного ускорять определенные реакции. Ученые решили разобраться, как действует этот механизм.
Чтобы запустить моделирование, для начала эксперты создали структурную модель капсида ВИЧ-1 с помощью белка циклофилина А, которая затем использовалась для создания других комплексов ВИЧ-N, ВИЧ-O и ВИЧ-P. Для сравнения исследователи также моделировали конверсию в капсиде без циклофилина А.
Всего эксперты создали 16 различных систем. С их помощью они смогли детально рассмотреть, какие пути проходит вирус, прежде чем проникнуть в клетку. Эксперимент показал, что скорость реакции, катализируемой белком циклофилином А, может играть решающую роль в защите ВИЧ-1.
То есть белок циклофилин А слегка изменяет капсид — оболочку, в которой заключен вирусный геном. Эти преобразования, как считают ученые, оказывают серьезное влияние на вирусную инфекцию.
Именно связывание циклофилина А обеспечивает защиту человеческого вируса ВИЧ-1 от антивирусного белка TRIM5α.
Таким образом, исследование выявило новое слабое место ВИЧ-1. Теперь эксперты будут работать над тем, чтобы создать лекарства, подавляющие связь циклофилина А с вирусом в клетке.
