Навигация

    Форум hiv.plus
    • Зарегистрироваться
    • Войти
    • Поиск
    • Категории
    • Последнее
    • Теги
    • Популярное
    • Поддержать проект
    А в это время на главной hiv.plus... События и перспективы | Академия | Территория редакции

    Учеными предложена новая модель формы вирусной оболочки ВИЧ-1

    Теоретические вопросы ВИЧ и ВИЧ-инфекции
    фундаментальные исследования
    5
    14
    3021
    Загружаем больше сообщений
    • Сначала старые
    • Сначала новые
    • По количеству голосов
    Ответить
    • Ответить, создав новую тему
    Авторизуйтесь, чтобы ответить
    Эта тема была удалена. Только пользователи с правом управления темами могут её видеть.
    • Васьвась
      Васьвась отредактировано Васьвась

      Оболочка вируса ВИЧ-1, возможно, имеет иную форму, чем считалось ранее, и это обстоятельство может серьезно повлиять на общее представление о работе вируса, считает группа канадских ученых из Университета Альберты.

      По словам специалистов, проведенные ими исследования показывают, что ВИЧ-1 находится в оболочке сферического матрикса. Когда вирус поражает здоровую клетку, оболочка сливается с внешней стороной клетки-мишени и впускает вирус внутрь, где последний атакует клетку.

      «Предложенная нами структура для вируса ВИЧ-1 имеет очень своеобразную форму, почти как лепестки цветка», - сказал соавтор исследования д-р Шон Грейвс.
      Максимально точное представление о структуре матричной оболочки поможет нам лучше понять процесс слияния и заражения».

      0_1576309773766_1576050762_5df0a04a8b5c2.jpeg

      Подробнее:

      https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0224965

      1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 0
      • Ilya Antipin
        Ilya Antipin Редактор отредактировано

        0_1576311030361_journal.pone.0224965.jpg

        1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 0
        • Gremlin
          Gremlin отредактировано

          Да, интересно, как они пришли к такому выводу. Надо почитать.

          Ilya Antipin 1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 0
          • J
            Just_One отредактировано

            @ilya-antipin Красотищща

            1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 0
            • Ilya Antipin
              Ilya Antipin Редактор @Gremlin отредактировано

              @gremlin некоторая теория исходя из ряда экспериментальных данных и далее моделирование.

              Gremlin 1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 0
              • Gremlin
                Gremlin @Ilya Antipin отредактировано Gremlin

                @ilya-antipin Да, почитал енто дело. Получается, канадцы в этом исследовании сначала «забраковали» предыдущую модель строения матричной оболочки ВИЧ Альфадли и Барклиса, которые в 2007 и в 2009 годах в условиях in vitro при помощи кристаллографического анализа показали, что матричные белки ВИЧ с хвостами остатков миристиновой кислоты на плоской фосфолипидной мембране в растворе, во-первых, собираются в тримеры, а во-вторых, из этих тримеров образуют правильные шестиугольники (все стороны равны и углы по 120 градусов).
                Точнее, про тримеры канадцы оставили, а вот то, что сфера матрикса может быть образована правильными шестиугольниками забраковали. Забраковали на основе формулы Эйлера и здравого смысла, который подсказывает, что любая вершина многогранника, образованная какими-либо плоскими фигурами, на плоскости должна иметь сумму углов в данной вершине меньше 360 градусов (в нашем случае 3 правильных шестиугольника на плоскости в точке их соединения образуют 3 угла по 120 градусов, что равняется 360 градусам и, следовательно, это невозможно).
                На картинках ниже это видно, что при придании сферической формы тримеры в составе шестиугольников при следовании от экватора к полюсам (направление «сжатия» сферы показано стрелками) наезжают друг на друга и, тем самым, теряется правильная форма шестиугольников ближе к полюсам, вплоть до сильного перекрытия тримерами друг друга.
                0_1576592439962_Сфера.png
                0_1576592449312_Шестиугольник.png
                Также канадцы использовали полученное Альфадли значение 9,02 нм, которое равняется расстоянию на плоскости между центрами масс определенных тримеров в шестиугольнике и использовали это расстояние для расчета расстояния между соседними тримерами и получили 5,21нм, затем вывели формулу для корректировки этого расстояния при переносе на сферическую поверхность в зависимости от радиуса данной сферы матричной оболочки ВИЧ (колеблется где-то от 62,5 до 72,5 нм). Затем с использованием математической модели (использование матрицы вращения и компьютерных программ) вывели определенную решетку/структуру расположения тримеров в образованной ими же сфере. Она получилась в виде 6 долек/лепестков с центральными прямыми хребтами в каждой и на северном полюсе, например, плотная, а на южном – неплотная. А вдоль самих лепестков и между лепестками из тримеров расстояния между тримерами по сфере очень различаются, образуя в том числе большие пустоты.
                0_1576592474675_6 долек.png
                И далее авторы на основе этой модели предположили механизм проникновения капсида и слияния матриксной оболочки с клеткой человека как раз южным полюсом с большой пустотой за счет размыкания лепестков (словно медуза).
                Некоторые мысли:

                1. Получается, из плоскостной структуры Альфадли из правильных шестиугольников саму идею шестиугольников канадцы посчитали некорректной (вполне обоснованно), а вот расстояния между образующими эти шестиугольники тримерами (5,21 нм, полученное на основании расстояния 9,02 нм) они посчитали корректным и на основании этого расстояния на плоскости выдвинули свою теоретическую гипотезу строения матриксной сферы в виде лепестков. Немного странно?
                2. Н у и интуитивно, как-то не верится в такую структуру матричной сферы вируса с такими неравномерно распределенными пустотами между лепестками. А гликопротеины gp120 и gp41 тоже получается неравномерно распределены по шарику вируса? А слияние с лимфоцитами происходит только, если вирион прибьется/развернется/прокатится строго южным полюсом к лимфоциту? Как-то слишком умно для туповатого ВИЧ.
                S Васьвась Ilya Antipin 4 ответов Последний ответ Ответить Цитировать 1
                • S
                  Stuppy @Gremlin отредактировано

                  Участник @gremlin написал в Учеными предложена новая модель формы вирусной оболочки ВИЧ-1:

                  А слияние с лимфоцитами происходит только, если вирион прибьется/развернется/прокатится строго южным полюсом к лимфоциту

                  На всех визуализациях бедный лимфоцитик десятки ублюдков одновременно атакуют

                  Ilya Antipin 1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 0
                  • S
                    Stuppy @Gremlin отредактировано Stuppy

                    Участник @gremlin написал в Учеными предложена новая модель формы вирусной оболочки ВИЧ-1:

                    туповатого ВИЧ

                    Чем тупее - тем больше плодится поди

                    1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 1
                    • Васьвась
                      Васьвась @Gremlin отредактировано

                      Участник @gremlin написал в Учеными предложена новая модель формы вирусной оболочки ВИЧ-1:

                      Как-то слишком умно для туповатого ВИЧ.

                      Он еще и не такое умеет.

                      1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 0
                      • Ilya Antipin
                        Ilya Antipin Редактор @Gremlin отредактировано

                        @gremlin по п. 1 – нужно разобраться откуда получено расстояние, может быть там нет сомнений, и даже перемерять не нужно. Но, тут есть допущение, это факт. Т.е. экспериментально не подтверждено, как я понимаю. 2. про полярность – крайне сомнительно, даже вероятность просто столкнуться за время существования с целевой клеткой далеко не 100%, еще и так сильно снизить шансы на зацепиться – что-то не верится, вероятности представляются мизерными.

                        Gremlin 1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 0
                        • Ilya Antipin
                          Ilya Antipin Редактор @Stuppy отредактировано Ilya Antipin

                          @stuppy так их туда поднасыпают изрядно, это же все в пробирке. In vivo все может быть и наверняка иначе в числах. И не факт, что они вообще работают, когда их не фоткают.

                          1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 0
                          • Gremlin
                            Gremlin @Ilya Antipin отредактировано Gremlin

                            Участник @ilya-antipin написал в Учеными предложена новая модель формы вирусной оболочки ВИЧ-1:

                            нужно разобраться откуда получено расстояние

                            Расстояние получено отсюда: Alfadhli A, Barklis RL, Barklis E. HIV-1 matrix organizes as a hexamer of trimers on membranes containing phosphatidylinositol-(4,5)-bisphosphate. Virology. 2009;387(2):466–72
                            0_1576676536207_1.jpg
                            Судя по всему – это вот это расстояние:
                            0_1576676579073_2.jpg
                            Которое авторы нынешнего исследования, судя по всему, проэкстраполировали в такое расстояние:
                            0_1576676613731_3.jpg
                            И на основании него вычислили расстояние между тримерами на плоскости равное 5,21нм:
                            0_1576676650336_4.jpg
                            Или на снимке Альфадли так:
                            0_1576676688398_5.jpg
                            Которое потом пересчитали с плоскости на сферу, выразив его через радиус матриксной сферы:
                            0_1576676726969_6.jpg
                            По всему этому то как раз вопросов нет, здесь все четко (чистые математика и кристаллография). А вот вопрос, почему нынешние исследователи гексагональную структуру, полученную на снимке на плоской фосфолипидной мембране (Альфадли в 2009г), забраковали, но расстояние между тримерами, образующими данные «забракованные» гексагоны/шестиугольники, использовать в своей работе посчитали возможным:
                            0_1576677380068_7.jpg
                            Т.е. такое ощущение, что для того чтобы написать работу (ведь хочется) какие-то исходные данные все же нужны, (а они по этой теме были только в работе Альфадли 2009 года) поэтому примем, что расстояние (равно как и положение друг относительно друга) между тримерами в некорректной гексагональной структуре сферы Альфадли будет корректным и на основании его (5,21nm) предложим другую структуру.)) Л – логика.
                            0_1576677009197_8.jpg
                            И еще один любопытный момент в данной работе. Авторы утверждают, что при обработке в математической модели диаметров сфер вириона в диапазоне от 134 до 135 нм получилось, что в диапазоне диаметров от 134,18нм до 134,78нм количество тримеров матриксного белка в сфере было во всех случаях одинаково и равно 2724 шт:
                            0_1576677092878_9.jpg
                            Т.е. количество тримеров в зависимости от диаметра вириона изменяется волнообразно сериями. Стало быть, при изменении диаметра сферы в определенном интервале увеличение диаметра происходит (в данной модели сферы авторов работы) не за счет увеличения количества тримеров, а за счет увеличения промежутков/пространств между 6-ю лепестками.
                            Тоже выглядит как-то странно.
                            Т.е. они хотят сказать, что и масса матрикса у вирионов с диаметром 134,18нм и у вирионов с диаметром 134,78нм будет одинаковой.

                            Ilya Antipin 1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 1
                            • Ilya Antipin
                              Ilya Antipin Редактор @Gremlin отредактировано

                              @gremlin короче, вряд ли стоит разделять оптимизм данных исследователей в том, что их моделька может иметь прикладное значение )

                              Gremlin 1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 0
                              • Gremlin
                                Gremlin @Ilya Antipin отредактировано Gremlin

                                @ilya-antipin Солидарен. Но сюжет интересный предложили, стоит признать)

                                1 ответ Последний ответ Ответить Цитировать 0
                                • 1 / 1
                                • Первое сообщение
                                  Последнее сообщение
                                Пока вы нас поддерживаете – мы существуем.

                                Лучшая помощь – регулярная автоматическая ежемесячная поддержка. Регулярная поддержка От 100 рублей в месяц. Легко отменить, если передумаете.

                                Разовые донаты мы также очень ценим!    Поддержать разово    Просто и безопасно, переведя донат с банковской карты или телефона.

                                Спасибо! Возникли вопросы – напишите [email protected].
                                Если заметили ошибку на форуме – пишите в эту тему или на [email protected].
                                © 2018 – 2021 HIV.PLUS Миссия Команда Соглашение об использовании