Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке
-
@ilya-antipin ну замечательно тогда. Проблема правда в том, что это все “приемлемо” по цене только на потоке, а так неподъемно. Да и на потоке то…не три копейки. Вот тут меня терзают смутные сомнения и одновременно нетерпение - скока ж у нас ценник выкатят?
Но повторюсь я за любой кипеж в доступности. Пусть и не воспользуюсь сам, но чтоб было. -
Участник @alexm написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
скока ж у нас ценник выкатят?
Мой прогноз – нисколько. Если кто-то не исхитрится встроить это как-то в бизнес-процессы существующие, точнее, те, что будут существовать. А до того – не будет просто.
Ориентиры, впрочем, есть, если посмотреть на Китай или Индию – 300-400 долларов.
Более реально то, что мы пропустим один технологический шаг, и где-то лет через пять технология придет уже на качественно другом уровне, где себестоимость с высокой вероятностью упадет на порядок.
-
@ilya-antipin то есть где-то 23-25 тыс. руб. на сегодня. Ну да, похоже на цену этого на потоке. Но у нас должно получится в разы дороже, так как штучно.
Уже фактически. Если все пойдет как ожидается, то в конце этого года должны запустить в продажу Nanopore с качеством прочтений ридов не хуже чем у Illumina. Начиная с этого момента можно отсчитывать умирание Illumina как технологии NGS. И Nanopore уже сегодня по факту сильно дешевле. Правда там есть проблема доступа третьих стран к технологии из-за монополизма производителя - так что да, реально можем пропустить этот технологический шаг из-за санкций. Ну в смысле и этот и следующий шаги.
-
Участник @alexm написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
Уже фактически. Если все пойдет как ожидается, то в конце этого года должны запустить в продажу Nanopore с качеством прочтений ридов не хуже чем у Illumina. Начиная с этого момента можно отсчитывать умирание Illumina как технологии NGS. И Nanopore уже сегодня по факту сильно дешевле.
Я тут очень поверхностно сужу, слегка приглядываю, но где-то видел прогноз недавно, что на порядок цена за единицу тут упасть может через 5 лет. Оценить качество аналитики не могу, и не пытался. Но, глядя назад… может быть вполне, не выглядит фантастично.
-
@ilya-antipin я вот ни разу не аналитик, не очень понимаю какие правила подсчёта тут.
Да и работаю не с человеком, а с микробами.Вот допустим у вас есть прибор/технология #1, которая позволяет вам прочесть миллион пар за 1000 попугаев. Но маленькими кусочками, поэтому у вас последовательность соберётся не одним целым а десятью фрагментами. Для большинства целей и этого достаточно. Но если прям вот очень, то можно воспользоваться другой технологией, #2, и прочитать большими кусками и собрать единым куском, но менее точно и за 10 000 попугаев. В реальности читают и тем и другим и потом компилируют.
Вдруг появляется технология #3 позволяющая читать очень длиными кусками, собирать в один фрагмент и за 1000 попугаев опять же. Но опять же не очень точно. Но в отличии от первого варианта тут можно взять числом - много раз прочитать и получить точно, но уже за 5000 попугаев.
Подведем промежуточный итог:
#1 + #2 = 11 000 попугаев
#3 = 5000 попугаев.
Но в большинстве случаев не нужно и хватает 1000попугаев.Вот и как тут считать улучшения?Теперь разработчики пару лет назад говорят: мы сможем сделать технологию #3 такой же точной как #1 и за теже деньги. И почти получилось. То есть блоху подковали, но вот в серию не смогли, никак. Новое обещание назначено на грядущий январь-февраль. Наверное смогут. Ну или смогут чуть позже. Что мы будем иметь тут? Тот же миллион пар за те же 1000 попугаев, но фрагментом, на сборку которого раньше затратили бы 11 000 попугаев. То есть для меня как ученого это архиважный скачок - можно собирать единым целым геномы, которые раньше собрать было невозможно (недавно анонсировали сборку генома пшеницы). Но ведь для большинства моих задач это не особо нужно то есть я как платил 1000, так и буду платить, просто получу ещё пироженку вдобавок. Пироженку очень вкусную и хочу-хочу, но вообще и обойтись могу. То есть падение цены на порядок вроде и произошло, а вроде и не совсем. Черт его знает как тут аналитики считают.
-
Важно ещё и то, что технологию #3 ( по динамике последних лет) производителю всегда удавалось ужимать в меньшем объеме и без серьезного повышения цены в пересчёте. То есть тут сейчас чип “на много” не на несколько порядков дороже чем маленький и в пересчёте на образец цена сильно падает.
Мне кажется вполне реальным тут в пределах пяти лет и повышение качества и повышение вместимости - тогда да, суммарно упадет на порядок в пересчёте на образец. Может и больше упадёт.
Но тут есть ограничение технологии пока не преодолимое - срок годности. Он не большой. То есть вы не можете заказать чип на сто ваших проб, сиквенировать десять и положить в холодильник - прокиснет. То есть точно должен быть поток. И применительно к теме обсуждения - не представляю этот поток в РФ. Разве что вот прям одна-две конторы на страну.
P.s. и опять же санкции - нам могут просто запретить покупку ячеек и усё -
@h-clinic вот вдруг еще один вопрос всплыл в моем воспаленном выходными мозгу:
- исследование делается в сотрудничестве с CMD и (видимо) на базе CMD, так?
Вопрос: можно ли будет учесть эти суммы в дисконтной программе CMD (полностью или часть)?
- исследование делается в сотрудничестве с CMD и (видимо) на базе CMD, так?
-
@alexm нет, у эйч своя программа вообще, даже стандартный ОАК они не могут провести по цмдшному профилю. Более того, цмд - одна из самых активных лаб в мск, половина частных клиник к ним возит анализы, у клиник свои программы для пациентов, а цмд им дает общую агентскую скидку
-
@alexm а что вам мешает сдать эти анализы в цмд? Если с вашей скидкой там дешевле. Другой вопрос, что если вы про тесты на пороге НО, так они вроде не в цмд это делают. А с каким то институтом договорились.
-
@настя2019 его нет в прайсе “с улицы”
-
@настя2019 вот да, - нету((
-
@stuppy так он вроде и не цмд, от того и нет
-
@настя2019 кто не цмд, о чем вы? Есть НИИ Эпидемиологии, помимо прочего, головное учреждение по ВИЧ. У них есть крутая лаба. Они запустили в дополнение к ниишной истории на этой базе коммерческую - сеть cmd.
Часть врачей H-Clinic выходцы из этого НИИ, сотрудничают с ним. А само НИИ, естественно, ведет научную работу и может делать больше анализов и разных штук, чем интересных сообществу на потоке коммерческом -
@настя2019 вроде CMD, но по договоренности с H.
Подождем что H ответит. -
Участник @stuppy написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
НИИ Эпидемиологии, помимо прочего, головное учреждение по ВИЧ.
А не Федцентр Покровского - головное? Или что вы понимаете под термином “головное”?
-
@васьвась подразумевается, думаю, в плане параклиники. Т.е. ИФА и молекулярная диагностика, тут – да, они рулят.
-
@stuppy это вы о чем?! Смешались в кучу яйца люди…
-
Участник @alexm написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
исследование делается в сотрудничестве с CMD и (видимо) на базе CMD, так?
Вопрос: можно ли будет учесть эти суммы в дисконтной программе CMD (полностью или часть)?нет, это не CMD… если есть необходимость в анализе, обращайтесь, поможем сделать…
-
@h-clinic Как записаться и куда звонить?
-
Участник @mimi написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
@h-clinic Как записаться и куда звонить?
@MiMi, напишите мне на почту [email protected]
