Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке
-
@alexm во всяком случае в гайде DHHS уже… две редакции как это дело фигурирует, а в последней генотипирование по ДНК впилили уже интонационно как рутинное, т.е. во всех непонятных ситуациях делаем и ориентируемся.
-
@ilya-antipin именно NGS при низкой нагрузке? Надо же, не знал!
Ну тогда наверное все норм, значит наверное нужный объем исследований был.
Замечательно, значит ждём когда и за сколько это будет у нас. -
A next-generation sequencing genotypic resistance assay that analyzes HIV-1 proviral DNA in host cells is now commercially available. This test aims to detect archived resistance mutations in patients with HIV RNA below the limit of detection or with low-level viremia. C-14
A next-generation sequencing genotypic assay that analyzes HIV-1 proviral DNA may provide additional information on drug resistance in patients with low levels of plasma HIV RNA or in patients whose levels are below the limit of detection (CIII). However, these assays might miss some or all the previous drugresistance mutations, and they should be interpreted with caution. The usefulness of these assays in the clinic is still under investigation and has yet to be fully determined. C-15
The next-generation sequencing genotypic resistance assay that analyzes proviral DNA in host cells can be considered when conventional HIV RNA drug resistance testing is unsuccessful or unavailable for patients initiating therapy (CIII). As outlined above, the results should be interpreted with caution, as this assay might miss some or all previously existing drug-resistance mutations. C-16
The next-generation sequencing genotypic resistance assay that analyzes proviral DNA can be considered for patients who are experiencing treatment failure and for whom conventional HIV RNA genotypic drug-resistance
testing is unavailable or unsuccessful (CIII). As outlined above, results should be interpreted with caution, as these assays might miss some or all previously existing drug-resistance mutations.
…
The next-generation sequencing genotypic resistance assay that analyzes proviral DNA can be considered for these individuals, particularly if complex or semi-complex pre-existing resistance is suspected. In individuals
who have experienced no prior virologic failures and who are on their first or second regimen, or who have genotypic testing results from when they had prior virologic failures, the use of the proviral DNA genotypic test
is unlikely to provide additional useful information. However, in individuals who have experienced multiple prior failures, a prolonged history of prior ARV regimens, and/or for whom prior genotypic resistance test
results are not available, it may be appropriate to utilize proviral DNA genotypic testing (CIII). When such testing is obtained, results should be combined with all prior genotypic and phenotypic test results to construct a
cumulative genotype, which incorporates all current and previously detected drug-resistance mutations. Results from this test should be interpreted with caution, as these assays might miss some or all previously existing
drug-resistance mutations. The usefulness of these assays in the clinic is still under investigation and has yet to be fully determined. C-17Table 5. Recommendations for Using Drug-Resistance Assays (page 2 of 2) C-19
In patients with an undetectable viral load or detectable plasma HIV RNA <1,000 copies/mL, phenotypic co-receptor usage can be determined using proviral DNA obtained from peripheral blood mononuclear cells (e.g., Trofile® DNA, Monogram Sciences); however, the clinical utility of this assay remains to be determined. С-24
и так далее еще в ряде мест. Широко так ввели, и подробно довольно.
-
@ilya-antipin ну замечательно тогда. Проблема правда в том, что это все “приемлемо” по цене только на потоке, а так неподъемно. Да и на потоке то…не три копейки. Вот тут меня терзают смутные сомнения и одновременно нетерпение - скока ж у нас ценник выкатят?
Но повторюсь я за любой кипеж в доступности. Пусть и не воспользуюсь сам, но чтоб было. -
Участник @alexm написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
скока ж у нас ценник выкатят?
Мой прогноз – нисколько. Если кто-то не исхитрится встроить это как-то в бизнес-процессы существующие, точнее, те, что будут существовать. А до того – не будет просто.
Ориентиры, впрочем, есть, если посмотреть на Китай или Индию – 300-400 долларов.
Более реально то, что мы пропустим один технологический шаг, и где-то лет через пять технология придет уже на качественно другом уровне, где себестоимость с высокой вероятностью упадет на порядок.
-
@ilya-antipin то есть где-то 23-25 тыс. руб. на сегодня. Ну да, похоже на цену этого на потоке. Но у нас должно получится в разы дороже, так как штучно.
Уже фактически. Если все пойдет как ожидается, то в конце этого года должны запустить в продажу Nanopore с качеством прочтений ридов не хуже чем у Illumina. Начиная с этого момента можно отсчитывать умирание Illumina как технологии NGS. И Nanopore уже сегодня по факту сильно дешевле. Правда там есть проблема доступа третьих стран к технологии из-за монополизма производителя - так что да, реально можем пропустить этот технологический шаг из-за санкций. Ну в смысле и этот и следующий шаги.
-
Участник @alexm написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
Уже фактически. Если все пойдет как ожидается, то в конце этого года должны запустить в продажу Nanopore с качеством прочтений ридов не хуже чем у Illumina. Начиная с этого момента можно отсчитывать умирание Illumina как технологии NGS. И Nanopore уже сегодня по факту сильно дешевле.
Я тут очень поверхностно сужу, слегка приглядываю, но где-то видел прогноз недавно, что на порядок цена за единицу тут упасть может через 5 лет. Оценить качество аналитики не могу, и не пытался. Но, глядя назад… может быть вполне, не выглядит фантастично.
-
@ilya-antipin я вот ни разу не аналитик, не очень понимаю какие правила подсчёта тут.
Да и работаю не с человеком, а с микробами.Вот допустим у вас есть прибор/технология #1, которая позволяет вам прочесть миллион пар за 1000 попугаев. Но маленькими кусочками, поэтому у вас последовательность соберётся не одним целым а десятью фрагментами. Для большинства целей и этого достаточно. Но если прям вот очень, то можно воспользоваться другой технологией, #2, и прочитать большими кусками и собрать единым куском, но менее точно и за 10 000 попугаев. В реальности читают и тем и другим и потом компилируют.
Вдруг появляется технология #3 позволяющая читать очень длиными кусками, собирать в один фрагмент и за 1000 попугаев опять же. Но опять же не очень точно. Но в отличии от первого варианта тут можно взять числом - много раз прочитать и получить точно, но уже за 5000 попугаев.
Подведем промежуточный итог:
#1 + #2 = 11 000 попугаев
#3 = 5000 попугаев.
Но в большинстве случаев не нужно и хватает 1000попугаев.Вот и как тут считать улучшения?Теперь разработчики пару лет назад говорят: мы сможем сделать технологию #3 такой же точной как #1 и за теже деньги. И почти получилось. То есть блоху подковали, но вот в серию не смогли, никак. Новое обещание назначено на грядущий январь-февраль. Наверное смогут. Ну или смогут чуть позже. Что мы будем иметь тут? Тот же миллион пар за те же 1000 попугаев, но фрагментом, на сборку которого раньше затратили бы 11 000 попугаев. То есть для меня как ученого это архиважный скачок - можно собирать единым целым геномы, которые раньше собрать было невозможно (недавно анонсировали сборку генома пшеницы). Но ведь для большинства моих задач это не особо нужно то есть я как платил 1000, так и буду платить, просто получу ещё пироженку вдобавок. Пироженку очень вкусную и хочу-хочу, но вообще и обойтись могу. То есть падение цены на порядок вроде и произошло, а вроде и не совсем. Черт его знает как тут аналитики считают.
-
Важно ещё и то, что технологию #3 ( по динамике последних лет) производителю всегда удавалось ужимать в меньшем объеме и без серьезного повышения цены в пересчёте. То есть тут сейчас чип “на много” не на несколько порядков дороже чем маленький и в пересчёте на образец цена сильно падает.
Мне кажется вполне реальным тут в пределах пяти лет и повышение качества и повышение вместимости - тогда да, суммарно упадет на порядок в пересчёте на образец. Может и больше упадёт.
Но тут есть ограничение технологии пока не преодолимое - срок годности. Он не большой. То есть вы не можете заказать чип на сто ваших проб, сиквенировать десять и положить в холодильник - прокиснет. То есть точно должен быть поток. И применительно к теме обсуждения - не представляю этот поток в РФ. Разве что вот прям одна-две конторы на страну.
P.s. и опять же санкции - нам могут просто запретить покупку ячеек и усё -
@h-clinic вот вдруг еще один вопрос всплыл в моем воспаленном выходными мозгу:
- исследование делается в сотрудничестве с CMD и (видимо) на базе CMD, так?
Вопрос: можно ли будет учесть эти суммы в дисконтной программе CMD (полностью или часть)?
- исследование делается в сотрудничестве с CMD и (видимо) на базе CMD, так?
-
@alexm нет, у эйч своя программа вообще, даже стандартный ОАК они не могут провести по цмдшному профилю. Более того, цмд - одна из самых активных лаб в мск, половина частных клиник к ним возит анализы, у клиник свои программы для пациентов, а цмд им дает общую агентскую скидку
-
@alexm а что вам мешает сдать эти анализы в цмд? Если с вашей скидкой там дешевле. Другой вопрос, что если вы про тесты на пороге НО, так они вроде не в цмд это делают. А с каким то институтом договорились.
-
@настя2019 его нет в прайсе “с улицы”
-
@настя2019 вот да, - нету((
-
@stuppy так он вроде и не цмд, от того и нет
-
@настя2019 кто не цмд, о чем вы? Есть НИИ Эпидемиологии, помимо прочего, головное учреждение по ВИЧ. У них есть крутая лаба. Они запустили в дополнение к ниишной истории на этой базе коммерческую - сеть cmd.
Часть врачей H-Clinic выходцы из этого НИИ, сотрудничают с ним. А само НИИ, естественно, ведет научную работу и может делать больше анализов и разных штук, чем интересных сообществу на потоке коммерческом -
@настя2019 вроде CMD, но по договоренности с H.
Подождем что H ответит. -
Участник @stuppy написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
НИИ Эпидемиологии, помимо прочего, головное учреждение по ВИЧ.
А не Федцентр Покровского - головное? Или что вы понимаете под термином “головное”?
-
@васьвась подразумевается, думаю, в плане параклиники. Т.е. ИФА и молекулярная диагностика, тут – да, они рулят.
-
@stuppy это вы о чем?! Смешались в кучу яйца люди…
