Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке
-
Участник @ilya-antipin написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
Ничем вы не мотивируете научную лабу заниматься рутинным коммерческим сервисом на потоке.
Н-сlinic чем-то замотивировала)
-
Участник @васьвась написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
Занят 24/7 ? 365 дней в году?
У вас нет знакомых из НИИ? Поговорите. Вы просто не понимаете предмета и устройства в этих сферах. В ночные смены в НИИ обычно не выходят, и в выходные тоже. А в рабочее – да, оборудование будет занятно и должно быть занято. В любом случае, даже если на нем что-то не делают, это не значит, что там есть свободные люди, значит они чем-то занимаются в этот момент на другом оборудовании. Или курят и думают. Не важно. Сейчас кому-то в МСК интересно погенотипировать из ДНК, завтра материал будет собран, работа написана и все. Если речь идет о ЦНИИ эпидемиологии, там чуть иная история, и они действительно могут долго держать какой-то объем, но вот какова будет коммерческая цена… если будет, впрочем, я уверен, что спрос будет очень небольшой и вряд ли тут дело дойдет в обозримом.
-
@mimi подсмотреть мутации из ДНК?
Это нужно, скажем, если вы были на Калетре и хотите на дарунавир с ритонавиром в варианте 800+100 однократно. Или, если ВН стабильно выше желаемых, скачет, скажем в районе 200-600, и ясно, что что-то выбито, а отменять не хочется. Или же, если вы хотите применить препарат, где в показаниях условие назначения – генотипирование в базе, а вы уже на терапии. Больше ситуаций придумать не могу.
-
@ilya-antipin вот прям истину глаголите!))
-
@h-clinic под “достоверностью” я понимал совсем вообще ни разу не это. Я про достоверность такого способа вообще.
-
@alexm то что технология позволяет - ясен пень. Я о том, что нигде не видел сколько нибудь серьезных исследований по представленности, структуре и разнообразию резервуаров. А также по клинической значимости этих значений для дальнейшей терапии.
@ilya-antipin, поправьте, плиз, если в курсе.Вот Вы взяли пробу крови и выделели что-то. Были исследования что какие именно типы клеток нужны - мононуклеары как при стандартном анализе результатов на ДНК ВИЧ или лучше другое? Ну ок, вы суммарную выделели. А что у нас с резервуарами в лимфосистеме кишечника и в прочих лимфоузлах организма? Были исследования с большой выборкой и множественным отбором биопсий? Там генотип резервуаров везде идентичен? А что у нас с резервуарами в нервной системе? Там были исследования по идентичности резервуаров с биопсиями? А были исследования категории А что подобные исследования можно точно принимать как критерий отсутствия резистентности в резервуарах?
На самом деле, я конечно понимаю, что и сам бы заказал такой анализ, если б по цене мне приемлемо и переходил на что-то новое в сокращённой схеме. Просто потому что могу финансово позволить себе перебдеть и это меня чуть успокоит. И на самом деле и там фирмы роют в этом направлении - у меня в начале КИ по пролонгам официально брали на NGS. Поэтому появление подобного в РФ тока приветствую! Но нужно понимать, что это все пока экспериментально и не сертифицированно.
-
@ilya-antipin Схема:тивикай, теновафир, лам!
На данной терапии 3 месяца.(ранее терапии не было)
До приема тары :Клеток 590, 25%,сд4/8-0.45, нагрузка 3800
июнь 2019: Нагрузка менее 20,клетки 780,29%,сд 4/8-0.65
Август 2019:Нагрузка менее 20,
клеток 640,27%, сд4/8-0.49
Врач предлагает убрать теновафир.
Ранее вы мне написали, что переход возможен.
Немного опасаюсь, при том, что клетки и % не стабильны.
Вот и думаю сделать тест на резистентность.
Или в данной ситуации он(тест) погоды не сделает?
Спасибо. -
@mimi Вы не туда думаете. Нагрузки нет - терапия работает, не надо делать тест. И процент у вас колеблется незначительно, всё норм, забейте. Занимайтесь зожем, болячки какие есть другие хронические - лечите, чтоб подрос
-
Всем спасибо за ответы. Желаю здоровья
-
Участник @alexm написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
Были исследования с большой выборкой и множественным отбором биопсий?
Нет, опасно и дорого. Только трупный материал тут, а это не очень интересно. Ничего из того, о чем вы серьезного не видел. Т.е. более или менее понятно, что в ЦНС виря до пса, любит он, но репликации мало, однако и белки вируса цитотоксичны, и мезоглю злить не стоит. Лимфоидная ткань кишечника – alma mater ВИЧ…
Штука в том, что резервуары формируются очень-очень рано и более или менее статичны, как мы сейчас понимаем, т.е. ковырять их смысла нет, найдешь в итоге дикий тип, тогда как в мононуклеарчиках будет как раз партактив, а значит с рабочими мутациями устойчивости, если таковые есть.
Если я правильно понял, о чем вы.
-
@mimi у вас все круто. Если вам не переходить на двойную схему, то кому тогда?
-
@ilya-antipin да, в принципе правильно)
То есть на трупном материале мы видим что резервуары во всех тканях более или менее статичны и одинаковые по генотипу и следовательно при прекращении активной репликации на АРВТ ( из соображений формальной логики и здравого смысла) они лишь ещё более законсервируются. А значит, если чего и смотреть, то только что-либо реплицирующее хоть как-то, то есть мононуклеары. И при этом (тоже из соображений логики) репликация в ЦНС, например, если она есть, идёт под той же селекцией, что и в крови - значит наверное тот же генотип. Ок, убедили))
А вот вроде в США подобный сервис тоже был. Что там слышно? У них все ок, результаты сиквенсов потом подтверждались на практике отсутствием проблем при переходе на новую терапию?
-
@alexm во всяком случае в гайде DHHS уже… две редакции как это дело фигурирует, а в последней генотипирование по ДНК впилили уже интонационно как рутинное, т.е. во всех непонятных ситуациях делаем и ориентируемся.
-
@ilya-antipin именно NGS при низкой нагрузке? Надо же, не знал!
Ну тогда наверное все норм, значит наверное нужный объем исследований был.
Замечательно, значит ждём когда и за сколько это будет у нас. -
A next-generation sequencing genotypic resistance assay that analyzes HIV-1 proviral DNA in host cells is now commercially available. This test aims to detect archived resistance mutations in patients with HIV RNA below the limit of detection or with low-level viremia. C-14
A next-generation sequencing genotypic assay that analyzes HIV-1 proviral DNA may provide additional information on drug resistance in patients with low levels of plasma HIV RNA or in patients whose levels are below the limit of detection (CIII). However, these assays might miss some or all the previous drugresistance mutations, and they should be interpreted with caution. The usefulness of these assays in the clinic is still under investigation and has yet to be fully determined. C-15
The next-generation sequencing genotypic resistance assay that analyzes proviral DNA in host cells can be considered when conventional HIV RNA drug resistance testing is unsuccessful or unavailable for patients initiating therapy (CIII). As outlined above, the results should be interpreted with caution, as this assay might miss some or all previously existing drug-resistance mutations. C-16
The next-generation sequencing genotypic resistance assay that analyzes proviral DNA can be considered for patients who are experiencing treatment failure and for whom conventional HIV RNA genotypic drug-resistance
testing is unavailable or unsuccessful (CIII). As outlined above, results should be interpreted with caution, as these assays might miss some or all previously existing drug-resistance mutations.
…
The next-generation sequencing genotypic resistance assay that analyzes proviral DNA can be considered for these individuals, particularly if complex or semi-complex pre-existing resistance is suspected. In individuals
who have experienced no prior virologic failures and who are on their first or second regimen, or who have genotypic testing results from when they had prior virologic failures, the use of the proviral DNA genotypic test
is unlikely to provide additional useful information. However, in individuals who have experienced multiple prior failures, a prolonged history of prior ARV regimens, and/or for whom prior genotypic resistance test
results are not available, it may be appropriate to utilize proviral DNA genotypic testing (CIII). When such testing is obtained, results should be combined with all prior genotypic and phenotypic test results to construct a
cumulative genotype, which incorporates all current and previously detected drug-resistance mutations. Results from this test should be interpreted with caution, as these assays might miss some or all previously existing
drug-resistance mutations. The usefulness of these assays in the clinic is still under investigation and has yet to be fully determined. C-17Table 5. Recommendations for Using Drug-Resistance Assays (page 2 of 2) C-19
In patients with an undetectable viral load or detectable plasma HIV RNA <1,000 copies/mL, phenotypic co-receptor usage can be determined using proviral DNA obtained from peripheral blood mononuclear cells (e.g., Trofile® DNA, Monogram Sciences); however, the clinical utility of this assay remains to be determined. С-24
и так далее еще в ряде мест. Широко так ввели, и подробно довольно.
-
@ilya-antipin ну замечательно тогда. Проблема правда в том, что это все “приемлемо” по цене только на потоке, а так неподъемно. Да и на потоке то…не три копейки. Вот тут меня терзают смутные сомнения и одновременно нетерпение - скока ж у нас ценник выкатят?
Но повторюсь я за любой кипеж в доступности. Пусть и не воспользуюсь сам, но чтоб было. -
Участник @alexm написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
скока ж у нас ценник выкатят?
Мой прогноз – нисколько. Если кто-то не исхитрится встроить это как-то в бизнес-процессы существующие, точнее, те, что будут существовать. А до того – не будет просто.
Ориентиры, впрочем, есть, если посмотреть на Китай или Индию – 300-400 долларов.
Более реально то, что мы пропустим один технологический шаг, и где-то лет через пять технология придет уже на качественно другом уровне, где себестоимость с высокой вероятностью упадет на порядок.
-
@ilya-antipin то есть где-то 23-25 тыс. руб. на сегодня. Ну да, похоже на цену этого на потоке. Но у нас должно получится в разы дороже, так как штучно.
Уже фактически. Если все пойдет как ожидается, то в конце этого года должны запустить в продажу Nanopore с качеством прочтений ридов не хуже чем у Illumina. Начиная с этого момента можно отсчитывать умирание Illumina как технологии NGS. И Nanopore уже сегодня по факту сильно дешевле. Правда там есть проблема доступа третьих стран к технологии из-за монополизма производителя - так что да, реально можем пропустить этот технологический шаг из-за санкций. Ну в смысле и этот и следующий шаги.
-
Участник @alexm написал в Анализ на резистентность при низкой вирусной назгруке:
Уже фактически. Если все пойдет как ожидается, то в конце этого года должны запустить в продажу Nanopore с качеством прочтений ридов не хуже чем у Illumina. Начиная с этого момента можно отсчитывать умирание Illumina как технологии NGS. И Nanopore уже сегодня по факту сильно дешевле.
Я тут очень поверхностно сужу, слегка приглядываю, но где-то видел прогноз недавно, что на порядок цена за единицу тут упасть может через 5 лет. Оценить качество аналитики не могу, и не пытался. Но, глядя назад… может быть вполне, не выглядит фантастично.
-
@ilya-antipin я вот ни разу не аналитик, не очень понимаю какие правила подсчёта тут.
Да и работаю не с человеком, а с микробами.Вот допустим у вас есть прибор/технология #1, которая позволяет вам прочесть миллион пар за 1000 попугаев. Но маленькими кусочками, поэтому у вас последовательность соберётся не одним целым а десятью фрагментами. Для большинства целей и этого достаточно. Но если прям вот очень, то можно воспользоваться другой технологией, #2, и прочитать большими кусками и собрать единым куском, но менее точно и за 10 000 попугаев. В реальности читают и тем и другим и потом компилируют.
Вдруг появляется технология #3 позволяющая читать очень длиными кусками, собирать в один фрагмент и за 1000 попугаев опять же. Но опять же не очень точно. Но в отличии от первого варианта тут можно взять числом - много раз прочитать и получить точно, но уже за 5000 попугаев.
Подведем промежуточный итог:
#1 + #2 = 11 000 попугаев
#3 = 5000 попугаев.
Но в большинстве случаев не нужно и хватает 1000попугаев.Вот и как тут считать улучшения?Теперь разработчики пару лет назад говорят: мы сможем сделать технологию #3 такой же точной как #1 и за теже деньги. И почти получилось. То есть блоху подковали, но вот в серию не смогли, никак. Новое обещание назначено на грядущий январь-февраль. Наверное смогут. Ну или смогут чуть позже. Что мы будем иметь тут? Тот же миллион пар за те же 1000 попугаев, но фрагментом, на сборку которого раньше затратили бы 11 000 попугаев. То есть для меня как ученого это архиважный скачок - можно собирать единым целым геномы, которые раньше собрать было невозможно (недавно анонсировали сборку генома пшеницы). Но ведь для большинства моих задач это не особо нужно то есть я как платил 1000, так и буду платить, просто получу ещё пироженку вдобавок. Пироженку очень вкусную и хочу-хочу, но вообще и обойтись могу. То есть падение цены на порядок вроде и произошло, а вроде и не совсем. Черт его знает как тут аналитики считают.
