Элитные контроллеры (ЭК): кто они
-
Участник @ilya-antipin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
рекомбинантные антигены
Хорошо, а тогда кол-во антигенов откуда столько?
-
@васьвась для запуска иммунного ответа не нужно много антигена, несколько мкг достаточно, даже если его колоть внутрикожно, а это не очень эффективная история, когда же своим чередом, то нужно сильно меньше, тем более, до столь скромных уровней, что требуются для детекции блотом.
-
Участник @h-clinic написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
Интересно измерить объём Вашего резервуара, сделать ПЦР ДНК количественный. Человек, который делает эти анализы
А еще интересно сколько из общего количества найденных в МКПК вирусных ДНК являются НЕинтегрированными в геном хозяина вирусными ДНК.
Unintegrated DNA
Правда жаль, что технически реально определять только 2-LTR круговые вирусные ДНК за счет возможности подбора уникальных праймеров на участок сопряжения LTR-LTR. Хотя, может, сейчас уже есть иные наработки…? Но, по крайней мере, можно попробовать в рутинном режиме попроводить такие анализы (определение кол-ва 2-LTR круговых вир.ДНК) наряду с определением общей вирусной ДНК в МКПК и вдруг удастся какие-либо закономерности повыводить… -
@gremlin не думаю, что это значимо. Как и вопросы множественных интеграций, и того, как они себя ведут в таких случаях, да в разных участках, а также битые интеграции тоже не особо можно выделить на сегодня… в любом случае абсолютные значения тут не важны, важны как кореляты.
-
Участник @ilya-antipin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
важны как кореляты.
Ну да, я как раз в разрезе корреляций и имел в виду.Что у разных ЭК там с 2-LTR circle DNA относительно общих ДНК, что у тех кто на разных классах АРВ и т.д. Может, чего и наковырять можно) Вот выявили же, что при усилении текущей успешной полной АРВ схемы ралтегравиром кол-во 2-LTR circles DNA у 30% ощутимо возросло без изменения уровня РНК ВИЧ в плазме…
-
@gremlin , прокомментируй. Пора всем пить аторвастатин, а ЭК - особенно? Снизит ли аторвастатин ВН, поднимет ИС? С противовоспалительной активностью понятно.
https://insights.ovid.com/pubmed?pmid=26645604
https://insights.ovid.com/crossref/00004686-201104000-00040?isFromRelatedArticle=Y
Под статьями тоже ссылки интересные есть.
-
@васьвась впервые слышу о ингибиторе циклин-зависимой киназы Р21) Ну и по части иммунологии…я так, не очень. Ну, так, сходу если, понял вроде, что этот ингибитор киназы р21 вроде как замедляет обр.транскрипцию РНК ВИЧ в ДНК и транскрипцию матричной РНК ВИЧ из провирусной ДНК у ЭК… Но насколько данное влияние сильно, в том числе с применением аторвастатина и каковы условия эксперимента, надо смотреть. Ну а так, надо углубляться, читать full text все там.Спасибо, интересно, надо почитать будет.
-
впервые слышу о ингибиторе циклин-зависимой киназы Р21
Спасибо, @васьвась, заставил “попотеть”.
Участник @васьвась написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
Пора всем пить аторвастатин, а ЭК - особенно? Снизит ли аторвастатин ВН, поднимет ИС
Если максимально коротко, то in vitro и ex vivo – да, а вот in vivo – нет, ИМХО.
Ну, а если чуть поразвернутей (надеюсь, дочитают больше 2 - 3-х человек)), то:
Для начала разберем, что за «зверь» ингибитор циклинзависимой киназы р21.
При транскрипции с минус-цепи (матричной) ДНК в мРНК, осуществляемой РНК-полимеразой II (в нашем случае) РНК-полимераза II сначала осуществляет инициацию роста мРНК в области промотора (небольшой участок ДНК, с которым связывается полимераза и с которого начинается синтез мРНК). Далее при успешном преодолении этапа инициации (иногда происходят «аборты» и первые неустойчивые растущие цепи РНК из 3-х – 10-и первых нуклеотидов отщепляются и отваливаются от РНК-полимеразы II и она начинает инициацию заново) полимераза иногда (в нашем случае) попадает в «ловушку» в так называемой проксимальной (ближней) области ДНК в районе промотора (т.е. в начале копируемой цепи ДНК происходит «проксимальная пауза» роста мРНК) и для того, чтобы результативно продолжить (а не «сбросить» неполноценную цепь) процесс роста мРНК (элонгироваться) РНК-полимеразе и еще паре белковых факторов необходимо перейти в активное состояние и «профосфорилироваться», т.е. присоединить к себе фосфаты. Данный процесс фосфорилирования осуществляет позитивный транскрипционный фактор удлинения/элонгации b р-TEFb. Но для этого данному элонгационному фактору нужна помощь других молекул. Вот тут мы и приходим к ингибитору циклинзависимой киназы СDK (белковый фермент, который участвует в смене фаз клеточного цикла, а также регулирует транскрипцию и процессинг мРНК) р21.
Данный ингибитор-пептид р21 (его продукция/экспрессия в клетках человека осуществляется (и соответственно кодируется) геном CDKN1A) ингибирует активность циклинзависимой киназы CDK9 (связываясь с комплексом CDK9+циклин), которая активируется тогда, когда в клетке накапливается определенная критическая концентрация циклинов (белков-активаторов) и они (циклины) связываются с ней. Активированный гетеродимер циклин+CDK9 далее, в свою очередь, присоединяется к позитивному транскрипционному фактору удлинения b р-TEFb для РНК-полимеразы II. И далее комплекс циклин+CDK9+р-TEFb фосфорилирует (за счет фосфатов отщепленных до этого киназой у АТФ) С-концевой домен большой субъединицы РНК-полимеразы II (и еще фосфорилирует пару факторов DSIF и NELF), которая за счет этого теперь может результативно продолжить транскрипцию матричной РНК (мРНК) с минус-цепи ДНК клетки (после проксимальной промоторной паузы/ловушки). В том числе данный механизм распространяется и на транскрипцию вирусной (ВИЧ) мРНК из провирусной ДНК. Поэтому ингибитор р21, связываясь с комплексом циклин+CDK9, блокирует его активацию и, как следствие, весь этот вышеописанный процесс.
Иными словами, ингибитор р21 в конечном счете ингибирует синтез мРНК ВИЧ из интегрированной провирусной ДНК в составе ДНК клетки человека. Т.е., если еще проще, ингибирует репликацию ВИЧ.
Теперь для начала разберем первую статью о влиянии р21 на репликацию ВИЧ в CD4+ Т-лимфоцитах элитных контроллеров.
- Для начала ученые провели анализ виремии у участников исследования из 4-х групп: ЭК, виремические контроллеры ВК (медиана 259 копий/мл), ВИЧ-прогрессоры и ВИЧ-негативные. Вполне ожидаемо выявили значительную разницу между ними по процентам зараженных Т-лимфоцитов, и копиям антигена (в виде капсидного белка) р24.
- Далее ученые отсекли остальные факторы, которые могут влиять у ЭК и ВК на контроль виремии (CD8+ клетки убрали, оценили разницу в активации клеток и пр.), инфицирование проводили и Х4- и R5-тропными штаммами.
- Затем определили происходят ли данные различия на ранних стадиях (для этого измеряли количества поздних обратных транскриптов LRT (т.е. тем самым оценивали разницу в эффективности обр. транскрипции), уровни интегрированной ДНК (т.е. тем самым оценивали разницу в эффективности интеграции) и уровни транскриптов мРНК (т.е. тем самым оценивали разницу в эффективности транскрипции мРНК ВИЧ из провирусной ДНК)) в однораундовом цикле репликации.
- Затем зафиксировали повышенные количества у ЭК и ВК фрагментов мРНК, кодируемых геном CDKN1A и соответственно уровни ингибитора р21.
- Затем оценили влияние уровней р21 на репликацию и выявили зависимость пониженной репликации в зависимости от повышения уровней р21.
- Затем определили влияние р21 на уровни LRT, инт.ДНК ВИЧ и мРНК CDKN1A для этого ингибировали ингибитор р21 и наблюдали повышение уровней LRT, инт.ДНК ВИЧ и мРНК CDKN1A.
- Затем на основании сравнения соотношений инт.ДНК ВИЧ /LRT, мРНК/LRT, мРНК/инт.ДНК до ингибирования р21 и после ингибирования р21 у ЭК и ВИЧ-негативных определили, что р21 влияет на уровни LRT и мРНК. Стало быть, вывод, что повышение уровня р21 понижает обратную транскрипцию и транскрипцию мРНК ВИЧ, но не влияет на интеграцию.
- Также экспериментально определили, что р21 связывается с CDK9 и что за счет этого тормозит деятельность р-TEFb (интересно, на мой взгляд, они проделали такой вывод: взяли заингибировали р21 и сравнили количество проксимальных (ближних) транскриптов мРНК и количество дистальных (дальних) транкриптов мРНК до ингибирования и после и определили, что проксимальные фрагменты мРНК увеличились в 2 раза, а дистальные в 6 раз после блокировки р21, т.е. вывод такой, что именно элонгация влияет на транкрипцию мРНК (т.е. паузы в элонгации транскрипции сильнее влияют чем паузы инициации)).
Итого, в сухом остатке: ученые на моделях in vitro и ex vivo определили, что у ЭК и ВК имеются повышенные уровни ингибитора р21 и что они ощутимо влияют на пониженную репликацию ВИЧ в том числе (наряду с другими факторами у ЭК). Также отметили, что повышенные уровни р21 влияют на обр. транскрипцию и на транскрипцию, однако признали, что механизм торможения обр. транскрипции в отличие от транскрипции объяснить не могут. Признали также, что неясно эта особенность у ЭК (повышенный уровень р21 в клетках) врожденная или приобретенная в результате ВИЧ-инфекции.
Теперь перейдем к аторвастатину:
По аторвастатину в условиях in vitro ученые также доказали, что:- Его влияние на понижение репликации ВИЧ в CD4+ Т-лимфоцитах.
- Его влияние на повышение уровня ингибитора циклинзависимой киназы р21 в CD4+ Т-лимфоцитах.
- Его влияние на понижение репликации ВИЧ вызвано его воздействием по мевалонатному пути на повышение уровня ингибитора циклинзависимой киназы р21 в CD4+ Т-лимфоцитах.
Выводы: и все бы ничего, т.е. результаты 1-го и 2-го исследования вроде бы показали, что:
- у ЭК, как минимум, частично контроль над репликацией ВИЧ вызван повышенными уровнями р21 в клетках
- и что применение аторвастатина также должно повышать его (р21) и, как следствие, понижает репликацию ВИЧ.
- но вот результаты данного 8-и недельного рандомизированного исследования уже в условиях in vivo показали, что там аторвастатин не влияет на понижение вирусной нагрузки. Т.е., значит, есть вопросы и по влиянию р21 на понижение ВН и его метаболизму в условиях живого человеческого организма.
P.S. ну а касательно целесообразности применения аторвастатина у ЭК, даже если не брать в расчет последнее обозначенное исследование и предположить, что он (аторвастатин) влияет на повышение ингибитора р21 in vivo, то получается следующая картина:
- У ЭК и так имеется повышенный фон р21 в организме.
- Имеются данные, что повышенный фон р21 в клетках ЭК , частично, наряду с другими факторами организма ЭК, понижает виремию ВИЧ.
- Таким образом, добавляя аторвастатин, мы стремимся повысить и без того повышенный уровень р21 у ЭК в надежде добиться еще лучших результатов по понижению репликации ВИЧ в латентно-инфицированных клетках. Т.е. предположим, вклад повышенного уровня р21 у ЭК в контроль над ВИЧ-инфекцией составляет 30%. Предположим, что мы, добавив аторвастатин, добились еще повышения уровня р21 на 20%, то получится общий вклад в контроль над ВИЧ-инфекцией увеличится у ЭК на 0,3х0,2х100% = 6%. Всего-то.
-
Участник @gremlin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
Таким образом, добавляя аторвастатин, мы стремимся повысить и без того повышенный уровень р21 у ЭК в надежде добиться еще лучших результатов по понижению репликации ВИЧ в латентно-инфицированных клетках
Спасибо за работу. Проверю в нерандомизированном, одноцентровом, плацебонеконтроллируемом исследовании. То есть на себе.
Какую дозу аторвастатина взять?
И что там с противовоспалительным эффектом, он сработает in vivo? -
Участник @васьвась написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
Проверю в нерандомизированном, одноцентровом, плацебонеконтроллируемом исследовании.
Еще неслепое (и уж тем более не двойное)
-
Участник @stuppy написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
Еще неслепое (и уж тем более не двойное)
И не глухонемое. Да. Лень писать было)
-
Участник @васьвась написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
Какую дозу аторвастатина взять?
И что там с противовоспалительным эффектом, он сработает in vivo?Вот тут точно не подскажу. Ни там, ни там не компетентен.
-
Какую дозу аторвастатина взять?
И что там с противовоспалительным эффектом, он сработает in vivo?В вышеуказанном исследовании in vivo при применении максимально рекомендуемой дозировки аторвастатина в 80 мг/сутки были зафиксированы следующие показатели снижения активации иммунной системы: снижение количества CD4+ HLA-DR+ T-лимфоцитов (активированные CD4+ Т-лимфоциты с маркером активации в виде протеина HLA-DR на поверхности) на 2,5%; снижение количества CD8+ HLA-DR+ T-лимфоцитов (активированные CD8+ Т-лимфоциты с маркером активации в виде протеина HLA-DR на поверхности) на 5%; снижение количества CD8+ HLA-DR+ CD38+ T-лимфоцитов (активированные CD8+ Т-лимфоциты с маркерами активации в виде протеина HLA-DR и гликопротеина CD38 на поверхности) на 3%.
Т.е. показатели снижения системного воспаления оказались не так, чтобы очень высокими.
Поэтому, по моему скромному мнению, если нет проблем с холестерином, то пить аторвастатин только ради снижения воспаления я бы не стал (ИМХО, примерно то же, что при отсутствии аллергии пить Цетрин для лучшего сна из-за его легкого седативного эффекта). -
Участник @gremlin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
Поэтому, по моему скромному мнению, если нет проблем с холестерином, то пить аторвастатин только ради снижения воспаления я бы не стал
Я хочу прикинуть выгоды/риски от минимальных доз аторвастатин. Возможные противовоспалительные , вирусологические и иммунологические эффекты и невысокие риски для малых доз.
Короче пока не попробуешь, не узнаешь. Но тут только за свои деньги кучу маркеров воспаления до и после замерять…
-
Еще одно преимущество ЭК перед остальными ВИЧ+ . Более низкий уровень воспаления и распространенности ССЗ. Эта распространенность схожа с людьми без ВИЧ.
Еще один довод против терапии для ЭК. -
Участник @васьвась написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
Более низкий уровень воспаления и распространенности ССЗ
@Maro и @bobcat2 надо прочесть, чтобы не писать про то, что у ЭК и нонпрогрессоров откуда-то “повышенное воспаление”. Оно ниже чем у остальных ВИЧ+, как и частота ССЗ.
Какие еще доводы в пользу терапии для ЭК остались?
-
Не уверен, что тут можно выводы сделать в отношении терапии для ЭК. Нужно бы группу ЭК на терапии, однако. Ее нет.
This study supports previous work demonstrating elevated concentrations of inflammatory biomarkers among HIV controllers and LTNPs compared to HIV-uninfected individuals.
T-cell activation among controllers is higher compared to ART-treated noncontrollers,[12,49] and controllers have persistent low-level viraemia, often greater than that seen in ART-treated HIV noncontrollers.
The cross-sectional observational study design limits our ability to assess causality. Опять же.
In adjusted analyses, there were no statistically significant differences in the carotid plaque prevalence or carotid IMT between HIV-infected individuals of any HIV control category and HIV-uninfected individuals
HIV-infected individuals with detectable viraemia had a 37% greater prevalence of carotid plaque compared to HIV-uninfected individuals [prevalence ratio (PR) 1.37; 95% confidence interval (CI) 1.11–1.68] after adjusting for demographics and CVD risk factors. Т.е. сам факт наличия ВИЧ-инфекции тут водораздел.
In a secondary analysis comparing HIV controllers and LTNPs to HIV-infected individuals with detectable viraemia, controllers and LTNPs had a lower prevalence of carotid plaque [PR 0.73 (95% CI 0.59–0.90) and PR 0.72 (95% CI 0.52–1.00), respectively. Т.е. подавленная нагрузка – вот, что важно.
Another secondary analysis restricted the category of HIV controllers and LTNPs to persons meeting the criteria at the time of carotid ultrasound. In adjusted analyses, there were no statistically significant associations between current HIV controller status and carotid plaque presence or carotid IMT compared to HIV-uninfected individuals.
-
Участник @ilya-antipin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
Не уверен, что тут можно выводы сделать в отношении терапии для ЭК
АРВТ не играет главной, вирусологической роли у ЭК. Последний аргумент в устах приверженцев терапии для всех-всех-всех звучал так : у ЭК повышенное воспаление (которое приводит к тем же ССЗ). Выяснилось, что это воспаление ниже чем у людей на АРВТ, риски ССЗ оказались также ниже и сравнимы с ВИЧ-отрицательными.
n = 270 - достаточная выборка, чтобы об этом можно было утверждать. -
Участник @ilya-antipin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:
Нужно бы группу ЭК на терапии, однако
Понятно что будет у этой группы. Риски ССЗ и некоторых других заболеваний возрастут (в зависимости от схемы).
Выгоды? Даже предположить не могу какие тут могут быть. И тем более нереально, что эти гипотетические и никому неведомые выгоды превысят риски. Даже DHHS затрудняется с ответом на этот вопрос.
То есть вопрос открыт. Аргументов ЗА терапию для ЭК я теперь не вижу. -
@васьвась вот для этого вывода данных нет как раз. Сравнить ЭК на АРВТ с глубоким подавлением ВН, и ЭК без таковой – вот тогда и узнаем. Впрочем, скорее всего ничего этакого не знаем.
