Ученые объяснили, как ВИЧ избегает захвата антивирусного белка ZAP

Васьвась

Результаты исследования, проведенного Мичиганским университетом (UM) совместно с Университетом Рокфеллера, показали, каким образом ВИЧ уклоняется от захвата специфического белка ZAP, эффективно действующего в отношении многих других вирусов и патогенов.

Современной клинической практике уже известен целый ряд динамических защитных механизмов от вирусов, которым подвержен наш организм – белков, специализирующихся на выявлении, захвате и уничтожении генетического материала, пораженного патогенами.

Предыдущее исследование Университета Рокфеллера показало, что так называемый антивирусный белок цинкового пальца (ZAP) захватывает только одну конкретную последовательность соседних нуклеотидов, строительные блоки ДНК и РНК: цитозин, за которым следует гуанин, или CG динуклеотид.

РНК человека содержит мало CG-динуклеотидов, и РНК ВИЧ эволюционировала таким образом, чтобы имитировать эту последовательность.

Группа исследователей из Мичиганского Университета и Университета Рокфеллера попыталась установить, как ZAP распознает геном вируса и каким образом некоторые патогены его избегают.

Подробнее:

http://www.xinhuanet.com/english/2019-11/12/c_138547840.htm

Gremlin

Немного «подкину в топку».
Перед тем как озвучить некоторые мысли по поводу данной статьи, для понимания широким кругом читателей механизма действия «цинковых пальчиков» накидал принципиальную схемку (извиняюсь за почерк, если что) с описанием слияния zinc fingers protein с РНК ВИЧ в соответствии с тезисами вышеуказанного исследования.
0_1574690810996_Схема взаимодействия ZAP и РНК ВИЧ с описанием.docx
Так вот, интересно:
В статье написано, что ученые выяснили, что из 4-х цинковых пальцев ZAP, только один вступает во взаимодействие со строго определенной последовательностью нуклеотидов РНК ВИЧ CG (проиллюстрировано на схеме).
Соответственно возникает ряд вопросов:

Удалось ли идентифицировать ученым какой именно «палец» из 4-х является «связующим»?
Если п.1. выполнен, то удалось ли установить какие именно радикалы каких аминокислот вступают во взаимодействие (связываются водородными связями) с динуклеотидом РНК ВИЧ CG?
Если п.1 и п.2 выполнены, то можно ли без ущерба создать такой мутантный ZAP (в результате генного редактирования или какого-либо иного вида синтеза), в котором все 4-е кончика «пальцев» будут обладать «нужным» набором аминокислот, способными связываться с динуклеотидами CG РНК ВИЧ.
Если п.3 возможен, то повысит ли это эффективность узнавания и связывания ZAP с динуклеотидами РНК ВИЧ CG?
Возможно ли идентифицировать какие еще (кроме не так часто встречающихся нынче в результате эволюции ВИЧ последовательностей CG в РНК ВИЧ) есть последовательности нуклеотидов, которые встречаются в подавляющем большинстве у РНК ВИЧ, а не в РНК клеток человека.
Если п.5 возможен, то возможно ли (и нужно ли) получить такой мутантный ZAP (редактированием аминокислотной последовательности на кончиках «пальцев»), который будет реагировать на эти найденные «уникальные» последовательности РНК ВИЧ?

Васьвась

@gremlin , вот ты химик. Кто по профессии?

Gremlin

@васьвась Образование электрохимическое. А вот по профессии - пришлось в другую сферу уйти, чтобы хлебушек кушать. Так что вот тут хоть понастальгировать, может кому интересно будет))

Васьвась

Участник @gremlin написал в Ученые объяснили, как ВИЧ избегает захвата антивирусного белка ZAP:

Образование электрохимическое. А вот по профессии - пришлось в другую сферу уйти, чтобы хлебушек кушать. Так что вот тут хоть понастальгировать, может кому интересно будет))

Электрохимик? Первый раз слышу такую специальность.
Интересно конечно. Такие люди нужны на сайте, хоть порой и нихрена непонятно)

Ilya Antipin

@gremlin я очень приблизительно ориентирусь в теме, но попробую порассуждать.

второй (это есть в абстракте этой статьи).
ммм… не уверен для данного случая, но для других РНК карту вирусных последовательностей, чувствительных к ингибированию ZAP делали, PMID: PMC525010…
фундаментальных препятствий нет, мутантов лепить можно, PMID: 20226086, но уровень целенаправленности тут у меня ускользает, нужно читать.
если у текущих эффективность не максимизирована эволюцией уже ) … ну, наверное.
почему нет? Отличная задача для модной бигдаты и нейросеточек, однако, я не уверен, что ответа на это еще нет, нужно покопаться. Мне кажется, что ответ уже должен бы быть.
насколько я понимаю – вряд ли тут такая селективность достижима, т.е. это универсальная штука, сущностно довольно универсальная.

Gremlin

@васьвась Гальваника и аккумуляторное производство, например - частные случаи электрохимических производств.

Gremlin

Участник @ilya-antipin написал в Ученые объяснили, как ВИЧ избегает захвата антивирусного белка ZAP:

@gremlin я очень приблизительно ориентирусь в теме, но попробую порассуждать.

второй (это есть в абстракте этой статьи).

Ага, нашёл в тексте в первоисточнике (PNAS.org)
Спасибо!

Васьвась

Участник @gremlin написал в Ученые объяснили, как ВИЧ избегает захвата антивирусного белка ZAP:

Гальваника и аккумуляторное производство,

Теперь понятно 👌 Мы в детстве значит немного электрохимичили. Разбирали аккумуляторы и доставали оттуда сурик. Мешали с серебрином , морскими камешками, все это в пакет, плотно изолентой замотал и хорошие бомбы получались)))

Gremlin

@васьвась 💪Ценных научных кадров аккумуляторная промышленность России потеряла😄