Элитные контроллеры (ЭК): кто они

Васьвась

Участник @h-clinic написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

(5 копий на миллион мононуклеаров), а ИБ при этом плюсует

Что там плюсует интересно? У ИБ чувствительность выше чем ПЦР с 5 копиями?

Ilya Antipin

Участник @васьвась написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

У ИБ чувствительность выше чем ПЦР с 5 копиями?

не мл, а мононуклеаров. Это немного другие порядки уже )

Васьвась

Участник @ilya-antipin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

не мл, а мононуклеаров. Это немного другие порядки уже )

Ну да. Но все равно, если ПЦР ДНК не находит, то откуда столько вирусных белков , что хватает для реакции иммуноблота? Эти вещи взаимосвязаны, даже если косвенно.

Ilya Antipin

@васьвась ну, например, дело в том, что они не вирусные.

Васьвась

Участник @ilya-antipin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

дело в том, что они не вирусные.

А чьи? Че то я или туплю или хз.

Ilya Antipin

@васьвась Ig. Т.е. сам метод способен чекать любые белки. Методу без разницы. Но если мы берем именно стандартный блот для ВИЧ-1, то мы детектируем именно антитела. Потому и приходится ждать пока блот «раскроется». И то, что мы видим на полосках, вот это все gp120, gp36, gp41, p24, p31 и так далее – рекомбинантные антигены, которые прореагировали со специфическим антителом. Или нет, если не видим.

Васьвась

Участник @ilya-antipin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

рекомбинантные антигены

Хорошо, а тогда кол-во антигенов откуда столько?

Ilya Antipin

@васьвась для запуска иммунного ответа не нужно много антигена, несколько мкг достаточно, даже если его колоть внутрикожно, а это не очень эффективная история, когда же своим чередом, то нужно сильно меньше, тем более, до столь скромных уровней, что требуются для детекции блотом.

Gremlin

Участник @h-clinic написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

Интересно измерить объём Вашего резервуара, сделать ПЦР ДНК количественный. Человек, который делает эти анализы

А еще интересно сколько из общего количества найденных в МКПК вирусных ДНК являются НЕинтегрированными в геном хозяина вирусными ДНК.
Unintegrated DNA
Правда жаль, что технически реально определять только 2-LTR круговые вирусные ДНК за счет возможности подбора уникальных праймеров на участок сопряжения LTR-LTR. Хотя, может, сейчас уже есть иные наработки…? Но, по крайней мере, можно попробовать в рутинном режиме попроводить такие анализы (определение кол-ва 2-LTR круговых вир.ДНК) наряду с определением общей вирусной ДНК в МКПК и вдруг удастся какие-либо закономерности повыводить…

Ilya Antipin

@gremlin не думаю, что это значимо. Как и вопросы множественных интеграций, и того, как они себя ведут в таких случаях, да в разных участках, а также битые интеграции тоже не особо можно выделить на сегодня… в любом случае абсолютные значения тут не важны, важны как кореляты.

Gremlin

Участник @ilya-antipin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

важны как кореляты.

Ну да, я как раз в разрезе корреляций и имел в виду.Что у разных ЭК там с 2-LTR circle DNA относительно общих ДНК, что у тех кто на разных классах АРВ и т.д. Может, чего и наковырять можно) Вот выявили же, что при усилении текущей успешной полной АРВ схемы ралтегравиром кол-во 2-LTR circles DNA у 30% ощутимо возросло без изменения уровня РНК ВИЧ в плазме…

Васьвась

@gremlin , прокомментируй. Пора всем пить аторвастатин, а ЭК - особенно? Снизит ли аторвастатин ВН, поднимет ИС? С противовоспалительной активностью понятно.

https://insights.ovid.com/pubmed?pmid=26645604

https://insights.ovid.com/crossref/00004686-201104000-00040?isFromRelatedArticle=Y

Под статьями тоже ссылки интересные есть.

Gremlin

@васьвась впервые слышу о ингибиторе циклин-зависимой киназы Р21) Ну и по части иммунологии…я так, не очень. Ну, так, сходу если, понял вроде, что этот ингибитор киназы р21 вроде как замедляет обр.транскрипцию РНК ВИЧ в ДНК и транскрипцию матричной РНК ВИЧ из провирусной ДНК у ЭК… Но насколько данное влияние сильно, в том числе с применением аторвастатина и каковы условия эксперимента, надо смотреть. Ну а так, надо углубляться, читать full text все там.Спасибо, интересно, надо почитать будет.

Gremlin

впервые слышу о ингибиторе циклин-зависимой киназы Р21

Спасибо, @васьвась, заставил “попотеть”.

Участник @васьвась написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

Пора всем пить аторвастатин, а ЭК - особенно? Снизит ли аторвастатин ВН, поднимет ИС

Если максимально коротко, то in vitro и ex vivo – да, а вот in vivo – нет, ИМХО.

Ну, а если чуть поразвернутей (надеюсь, дочитают больше 2 - 3-х человек)), то:

Для начала разберем, что за «зверь» ингибитор циклинзависимой киназы р21.

При транскрипции с минус-цепи (матричной) ДНК в мРНК, осуществляемой РНК-полимеразой II (в нашем случае) РНК-полимераза II сначала осуществляет инициацию роста мРНК в области промотора (небольшой участок ДНК, с которым связывается полимераза и с которого начинается синтез мРНК). Далее при успешном преодолении этапа инициации (иногда происходят «аборты» и первые неустойчивые растущие цепи РНК из 3-х – 10-и первых нуклеотидов отщепляются и отваливаются от РНК-полимеразы II и она начинает инициацию заново) полимераза иногда (в нашем случае) попадает в «ловушку» в так называемой проксимальной (ближней) области ДНК в районе промотора (т.е. в начале копируемой цепи ДНК происходит «проксимальная пауза» роста мРНК) и для того, чтобы результативно продолжить (а не «сбросить» неполноценную цепь) процесс роста мРНК (элонгироваться) РНК-полимеразе и еще паре белковых факторов необходимо перейти в активное состояние и «профосфорилироваться», т.е. присоединить к себе фосфаты. Данный процесс фосфорилирования осуществляет позитивный транскрипционный фактор удлинения/элонгации b р-TEFb. Но для этого данному элонгационному фактору нужна помощь других молекул. Вот тут мы и приходим к ингибитору циклинзависимой киназы СDK (белковый фермент, который участвует в смене фаз клеточного цикла, а также регулирует транскрипцию и процессинг мРНК) р21.

Данный ингибитор-пептид р21 (его продукция/экспрессия в клетках человека осуществляется (и соответственно кодируется) геном CDKN1A) ингибирует активность циклинзависимой киназы CDK9 (связываясь с комплексом CDK9+циклин), которая активируется тогда, когда в клетке накапливается определенная критическая концентрация циклинов (белков-активаторов) и они (циклины) связываются с ней. Активированный гетеродимер циклин+CDK9 далее, в свою очередь, присоединяется к позитивному транскрипционному фактору удлинения b р-TEFb для РНК-полимеразы II. И далее комплекс циклин+CDK9+р-TEFb фосфорилирует (за счет фосфатов отщепленных до этого киназой у АТФ) С-концевой домен большой субъединицы РНК-полимеразы II (и еще фосфорилирует пару факторов DSIF и NELF), которая за счет этого теперь может результативно продолжить транскрипцию матричной РНК (мРНК) с минус-цепи ДНК клетки (после проксимальной промоторной паузы/ловушки). В том числе данный механизм распространяется и на транскрипцию вирусной (ВИЧ) мРНК из провирусной ДНК. Поэтому ингибитор р21, связываясь с комплексом циклин+CDK9, блокирует его активацию и, как следствие, весь этот вышеописанный процесс.

Иными словами, ингибитор р21 в конечном счете ингибирует синтез мРНК ВИЧ из интегрированной провирусной ДНК в составе ДНК клетки человека. Т.е., если еще проще, ингибирует репликацию ВИЧ.

Теперь для начала разберем первую статью о влиянии р21 на репликацию ВИЧ в CD4+ Т-лимфоцитах элитных контроллеров.

Для начала ученые провели анализ виремии у участников исследования из 4-х групп: ЭК, виремические контроллеры ВК (медиана 259 копий/мл), ВИЧ-прогрессоры и ВИЧ-негативные. Вполне ожидаемо выявили значительную разницу между ними по процентам зараженных Т-лимфоцитов, и копиям антигена (в виде капсидного белка) р24.
Далее ученые отсекли остальные факторы, которые могут влиять у ЭК и ВК на контроль виремии (CD8+ клетки убрали, оценили разницу в активации клеток и пр.), инфицирование проводили и Х4- и R5-тропными штаммами.
Затем определили происходят ли данные различия на ранних стадиях (для этого измеряли количества поздних обратных транскриптов LRT (т.е. тем самым оценивали разницу в эффективности обр. транскрипции), уровни интегрированной ДНК (т.е. тем самым оценивали разницу в эффективности интеграции) и уровни транскриптов мРНК (т.е. тем самым оценивали разницу в эффективности транскрипции мРНК ВИЧ из провирусной ДНК)) в однораундовом цикле репликации.
Затем зафиксировали повышенные количества у ЭК и ВК фрагментов мРНК, кодируемых геном CDKN1A и соответственно уровни ингибитора р21.
Затем оценили влияние уровней р21 на репликацию и выявили зависимость пониженной репликации в зависимости от повышения уровней р21.
Затем определили влияние р21 на уровни LRT, инт.ДНК ВИЧ и мРНК CDKN1A для этого ингибировали ингибитор р21 и наблюдали повышение уровней LRT, инт.ДНК ВИЧ и мРНК CDKN1A.
Затем на основании сравнения соотношений инт.ДНК ВИЧ /LRT, мРНК/LRT, мРНК/инт.ДНК до ингибирования р21 и после ингибирования р21 у ЭК и ВИЧ-негативных определили, что р21 влияет на уровни LRT и мРНК. Стало быть, вывод, что повышение уровня р21 понижает обратную транскрипцию и транскрипцию мРНК ВИЧ, но не влияет на интеграцию.
Также экспериментально определили, что р21 связывается с CDK9 и что за счет этого тормозит деятельность р-TEFb (интересно, на мой взгляд, они проделали такой вывод: взяли заингибировали р21 и сравнили количество проксимальных (ближних) транскриптов мРНК и количество дистальных (дальних) транкриптов мРНК до ингибирования и после и определили, что проксимальные фрагменты мРНК увеличились в 2 раза, а дистальные в 6 раз после блокировки р21, т.е. вывод такой, что именно элонгация влияет на транкрипцию мРНК (т.е. паузы в элонгации транскрипции сильнее влияют чем паузы инициации)).

Итого, в сухом остатке: ученые на моделях in vitro и ex vivo определили, что у ЭК и ВК имеются повышенные уровни ингибитора р21 и что они ощутимо влияют на пониженную репликацию ВИЧ в том числе (наряду с другими факторами у ЭК). Также отметили, что повышенные уровни р21 влияют на обр. транскрипцию и на транскрипцию, однако признали, что механизм торможения обр. транскрипции в отличие от транскрипции объяснить не могут. Признали также, что неясно эта особенность у ЭК (повышенный уровень р21 в клетках) врожденная или приобретенная в результате ВИЧ-инфекции.

Теперь перейдем к аторвастатину:
По аторвастатину в условиях in vitro ученые также доказали, что:

Его влияние на понижение репликации ВИЧ в CD4+ Т-лимфоцитах.
Его влияние на повышение уровня ингибитора циклинзависимой киназы р21 в CD4+ Т-лимфоцитах.
Его влияние на понижение репликации ВИЧ вызвано его воздействием по мевалонатному пути на повышение уровня ингибитора циклинзависимой киназы р21 в CD4+ Т-лимфоцитах.

Выводы: и все бы ничего, т.е. результаты 1-го и 2-го исследования вроде бы показали, что:

у ЭК, как минимум, частично контроль над репликацией ВИЧ вызван повышенными уровнями р21 в клетках
и что применение аторвастатина также должно повышать его (р21) и, как следствие, понижает репликацию ВИЧ.
но вот результаты данного 8-и недельного рандомизированного исследования уже в условиях in vivo показали, что там аторвастатин не влияет на понижение вирусной нагрузки. Т.е., значит, есть вопросы и по влиянию р21 на понижение ВН и его метаболизму в условиях живого человеческого организма.

P.S. ну а касательно целесообразности применения аторвастатина у ЭК, даже если не брать в расчет последнее обозначенное исследование и предположить, что он (аторвастатин) влияет на повышение ингибитора р21 in vivo, то получается следующая картина:

У ЭК и так имеется повышенный фон р21 в организме.
Имеются данные, что повышенный фон р21 в клетках ЭК , частично, наряду с другими факторами организма ЭК, понижает виремию ВИЧ.
Таким образом, добавляя аторвастатин, мы стремимся повысить и без того повышенный уровень р21 у ЭК в надежде добиться еще лучших результатов по понижению репликации ВИЧ в латентно-инфицированных клетках. Т.е. предположим, вклад повышенного уровня р21 у ЭК в контроль над ВИЧ-инфекцией составляет 30%. Предположим, что мы, добавив аторвастатин, добились еще повышения уровня р21 на 20%, то получится общий вклад в контроль над ВИЧ-инфекцией увеличится у ЭК на 0,3х0,2х100% = 6%. Всего-то.

Васьвась

Участник @gremlin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

Таким образом, добавляя аторвастатин, мы стремимся повысить и без того повышенный уровень р21 у ЭК в надежде добиться еще лучших результатов по понижению репликации ВИЧ в латентно-инфицированных клетках

Спасибо за работу. Проверю в нерандомизированном, одноцентровом, плацебонеконтроллируемом исследовании. То есть на себе.

Какую дозу аторвастатина взять?
И что там с противовоспалительным эффектом, он сработает in vivo?

Stuppy

Участник @васьвась написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

Проверю в нерандомизированном, одноцентровом, плацебонеконтроллируемом исследовании.

Еще неслепое (и уж тем более не двойное)

Васьвась

Участник @stuppy написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

Еще неслепое (и уж тем более не двойное)

И не глухонемое. Да. Лень писать было)

Gremlin

Участник @васьвась написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

Какую дозу аторвастатина взять?
И что там с противовоспалительным эффектом, он сработает in vivo?

Вот тут точно не подскажу. Ни там, ни там не компетентен.

Gremlin

@васьвась

Какую дозу аторвастатина взять?
И что там с противовоспалительным эффектом, он сработает in vivo?

В вышеуказанном исследовании in vivo при применении максимально рекомендуемой дозировки аторвастатина в 80 мг/сутки были зафиксированы следующие показатели снижения активации иммунной системы: снижение количества CD4+ HLA-DR+ T-лимфоцитов (активированные CD4+ Т-лимфоциты с маркером активации в виде протеина HLA-DR на поверхности) на 2,5%; снижение количества CD8+ HLA-DR+ T-лимфоцитов (активированные CD8+ Т-лимфоциты с маркером активации в виде протеина HLA-DR на поверхности) на 5%; снижение количества CD8+ HLA-DR+ CD38+ T-лимфоцитов (активированные CD8+ Т-лимфоциты с маркерами активации в виде протеина HLA-DR и гликопротеина CD38 на поверхности) на 3%.
Т.е. показатели снижения системного воспаления оказались не так, чтобы очень высокими.
Поэтому, по моему скромному мнению, если нет проблем с холестерином, то пить аторвастатин только ради снижения воспаления я бы не стал (ИМХО, примерно то же, что при отсутствии аллергии пить Цетрин для лучшего сна из-за его легкого седативного эффекта).

Васьвась

Участник @gremlin написал в Элитные контроллеры (ЭК): кто они:

Поэтому, по моему скромному мнению, если нет проблем с холестерином, то пить аторвастатин только ради снижения воспаления я бы не стал

Я хочу прикинуть выгоды/риски от минимальных доз аторвастатин. Возможные противовоспалительные , вирусологические и иммунологические эффекты и невысокие риски для малых доз.

Короче пока не попробуешь, не узнаешь. Но тут только за свои деньги кучу маркеров воспаления до и после замерять…