Помогите понять смысл анализа (теста) (Январь II 2019)
-
@ив заявления какого? Ссылку бы, или цитату.
-
@ilya-antipin https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4167641/
я же вам уже все подробно объяснил. Давайте ещё раз, если это оказалось так сложно. Вы проводите оценку периода окна на 20-ти сероконверсионных панелях (т.е. 20 людях с приблизительно понятной датой заражения) и пытаетесь оценить достоверность теста с 100% точностью. Очевидно, данных у вас мало и вы подключаете математическое моделирование для оценки eclipse period. Поймать и зарегистрировать реальный кейс на сроке более 6 недель очень сложно, так как вы пытаетесь поймать 1% (1 человек из 100) на 20-ти наборах данных (20 людях).
Но даже при всей сложности регистрации событий с небольшой вероятностью такие зарегистрированные случаи есть (что на самом деле удивительно). Вот вам кейс, как вы просили:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4167641/
Abbott Architect (тест 4-го поколения) дал ложно отрицательные результаты в даты Х, Х + 6 месяцев и Х + 12 месяцев. У человека была определяемая вирусная нагрузка (около 3000 копий), предположительно элитный контроллер.
© господин авб.@ив я вообще не понимаю, о чем персонаж. Данная статья о 8 кейсах из HPTN 061. Смотрим таблицу 2. NR на COMBO 4th gen (это не Abbott кстати, т.е. не только он, а вообще тест 4 поколения, см. там по тексту ниже какие системы были) NR для 4th Gen видим в кейсах 1 и 8. В кейсе 1 ВН ниже 50 копий и речь об ЭК. В кейсе 8 – острый период на момент входа в исследование (строка Enr).
Собственно, это и написано в тексте:
These test results were consistent with acute HIV infection at enrollment.
Т.е. может ли быть отрицательным тест 4 поколения при ВН 3K копий? Не вопрос. Естественно может. Например, такая ВН может наблюдаться спустя дни после эклипс фазы, т.е. дней 10-14 после инфицирования. Впрочем, даже если бы данная ВН наблюдалась и позже, никто и никогда не гарантировал детекцию с высокой вероятностью ранее 4 недель для ИФА 4 поколения.
-
-
@ilya-antipin вот как то так, Илья Игоревич. Заранее спасибо.)
А еще, господин авб, убежден, что у нон прогрессоров, часто или почти всегда вирусная нагрузка будет ниже порога чувствительности тест систем. Я уже устал объяснять, что это ни так.
@ив у нонпрорессоров в какой момент? Это важное обстоятельство. В латентную или острую? И как долго? Всегда? Год? Пять? Сколько? И ниже порога какого? 50 копий? Где критерии то?
Ну, чтобы такое утверждать, нужно определение ЭК. Его не существует. Т.е. у кого-то, кого точно мы не знаем, т.к. у нас нет определения, а для разных КИ определения ЭК формулируются лишь для данного контекста, а не вообще, что-то как-то? Так у кого именно? Нет критериев на сегодня.
Впрочем, возьмем свежее что-то, например это:
Promer K, Karris MY. Current Treatment Options for HIV Elite Controllers: a Review. Curr Treat Options Infect Dis. 2018 Jun;10(2):302-309. PMID: 30344450.
The most beneficial course of action becomes less clear for those who spontaneously control HIV viral load below the limit of detection for long periods of time in the absence of ART, a group known as “elite controllers.” Generally regarded as rare, estimated prevalence ranges from 0.15 to 1.5% of all patients living with HIV (PLWH) [4, 5, 6, 7].Cutoffs for viral load and time period of follow-up differ between various definitions of elite control, which contributes to the range of prevalence among these studies.
Ну, давайте заглянем по ссылкам в 4,5,6,7… о чем же тут? Ткнем в то, что свежее. Сюда. Тут выделяют условно elite controllers до 50 копий и viremic controllers (50-2000 копий). Ну, пусть так. Смотрим ниже: One hundred and forty-one (29.7%) patients lost viral load control за период наблюдения. Т.е. вывод? Сегодня ту танцуешь джаз, а завтра родину продашь. ЭК это не перманентный статус, это собирательное нечто с данными критериями, довольно произвольными для каждого исследования или анализа, и это временное нечто.
нон прогрессоров, часто или почти всегда вирусная нагрузка будет ниже порога чувствительности тест систем
Итак, вот в разрезе данного исследования данное утверждение имеет следующие проблемы: тут вообще не выделяют нонпрогрессоров, а использют другие дефиниции. Можно сказать, что этому соответствуют в данном анализе те, что тут описывают как elite controllers и дают им определение, но… и это временно, как мы видим, для приличной части таковых и данного периода наблюдения. Там исследователи выделили предикторы прогрессии, и раскидали пробабилити прогрессии для elite controllers от 13% до 70% для разных подгрупп таковых. Ну, вот как-то так. Может быть наш спикер пояснит что имел ввиду? Что-то в моменте? Или что? Не знаю.
Ну, хорошо, возьмем еще что-то, статью под номером 6 пусть для более наглядного примера. Тут у нас уже другой каганат. Medical control, elite control, low viremia, or high viremia. Пояснений в абстракте нет, смотрим полный текст. Тут у нас следующее взято для определения элитных контроллеров:
Elite control was defined by ≥3 consecutive HIV-1 RNA measurements, on separate days and spanning a period of ≥12 months, registering below the limit of detection for the assay in the absence of any ART.
Почему именно так? Авторы объясняют, что потому, что:
This definition of elite control has been used in several prior reports [3, 16, 17].
Ну, да, а что велик то выдумывать. Но, обратим внимание на критерий времени, он тут четко указан? Зачем? Потому, что иначе чехарда, т.к. сегодня ты ЭК, а завтра уже просто нонпрогрессор, а послезавтра slow progressor или можно уже расслабиться и встать в строй.
Вернемся к тексту Promer и Karris:
However, most experts agree that the definition for elite control is demonstration of multiple consecutive undetectable viral loads for at least
6 months or undetectable viral loads on at least 90% of measurements over 10 years [8]. The classification “viremic controller” is similar but allows a higher RNA cutoff of 2000 copies/mL [9, 10, 11]. The term “long-term non-progressor” refers to immunologic control with a nadir CD4+ T cell count of at least 500 cells/μL over more than 8 years [4]. “Chronic progressors,” also referred to as “non-controllers,” do not fulfill any of the above definitions of spontaneous control.Ну, вот такая попытка как-то что-то определить на основании, что такая или иная дефиниция чаще встречается. Хорошо, примем к сведению, как ориентир, но фиксируем и главное – с определением пока никак. Его нет.
Потому, я бы на месте абв сделал бы ход конем и утверждал бы следующее: элиттные контроллеры (нет, не нонпрогрессоры конечно, это fail точно) это люди, которые демонстрируют ВН менее 50 копий, пока они демонстрируют такую ВН )) И, следствие из утверждения: все ЖК демонтируют ВН ниже 50 копий.
Вот так фиг докопаешься )))
-
@ив у нонпрорессоров в какой момент? Это важное обстоятельство. В латентную или острую? И как долго? Всегда? Год? Пять? Сколько? И ниже порога какого? 50 копий? Где критерии то?
Ну, чтобы такое утверждать, нужно определение ЭК. Его не существует. Т.е. у кого-то, кого точно мы не знаем, т.к. у нас нет определения, а для разных КИ определения ЭК формулируются лишь для данного контекста, а не вообще, что-то как-то? Так у кого именно? Нет критериев на сегодня.
Впрочем, возьмем свежее что-то, например это:
Promer K, Karris MY. Current Treatment Options for HIV Elite Controllers: a Review. Curr Treat Options Infect Dis. 2018 Jun;10(2):302-309. PMID: 30344450.
The most beneficial course of action becomes less clear for those who spontaneously control HIV viral load below the limit of detection for long periods of time in the absence of ART, a group known as “elite controllers.” Generally regarded as rare, estimated prevalence ranges from 0.15 to 1.5% of all patients living with HIV (PLWH) [4, 5, 6, 7].Cutoffs for viral load and time period of follow-up differ between various definitions of elite control, which contributes to the range of prevalence among these studies.
Ну, давайте заглянем по ссылкам в 4,5,6,7… о чем же тут? Ткнем в то, что свежее. Сюда. Тут выделяют условно elite controllers до 50 копий и viremic controllers (50-2000 копий). Ну, пусть так. Смотрим ниже: One hundred and forty-one (29.7%) patients lost viral load control за период наблюдения. Т.е. вывод? Сегодня ту танцуешь джаз, а завтра родину продашь. ЭК это не перманентный статус, это собирательное нечто с данными критериями, довольно произвольными для каждого исследования или анализа, и это временное нечто.
нон прогрессоров, часто или почти всегда вирусная нагрузка будет ниже порога чувствительности тест систем
Итак, вот в разрезе данного исследования данное утверждение имеет следующие проблемы: тут вообще не выделяют нонпрогрессоров, а использют другие дефиниции. Можно сказать, что этому соответствуют в данном анализе те, что тут описывают как elite controllers и дают им определение, но… и это временно, как мы видим, для приличной части таковых и данного периода наблюдения. Там исследователи выделили предикторы прогрессии, и раскидали пробабилити прогрессии для elite controllers от 13% до 70% для разных подгрупп таковых. Ну, вот как-то так. Может быть наш спикер пояснит что имел ввиду? Что-то в моменте? Или что? Не знаю.
Ну, хорошо, возьмем еще что-то, статью под номером 6 пусть для более наглядного примера. Тут у нас уже другой каганат. Medical control, elite control, low viremia, or high viremia. Пояснений в абстракте нет, смотрим полный текст. Тут у нас следующее взято для определения элитных контроллеров:
Elite control was defined by ≥3 consecutive HIV-1 RNA measurements, on separate days and spanning a period of ≥12 months, registering below the limit of detection for the assay in the absence of any ART.
Почему именно так? Авторы объясняют, что потому, что:
This definition of elite control has been used in several prior reports [3, 16, 17].
Ну, да, а что велик то выдумывать. Но, обратим внимание на критерий времени, он тут четко указан? Зачем? Потому, что иначе чехарда, т.к. сегодня ты ЭК, а завтра уже просто нонпрогрессор, а послезавтра slow progressor или можно уже расслабиться и встать в строй.
Вернемся к тексту Promer и Karris:
However, most experts agree that the definition for elite control is demonstration of multiple consecutive undetectable viral loads for at least
6 months or undetectable viral loads on at least 90% of measurements over 10 years [8]. The classification “viremic controller” is similar but allows a higher RNA cutoff of 2000 copies/mL [9, 10, 11]. The term “long-term non-progressor” refers to immunologic control with a nadir CD4+ T cell count of at least 500 cells/μL over more than 8 years [4]. “Chronic progressors,” also referred to as “non-controllers,” do not fulfill any of the above definitions of spontaneous control.Ну, вот такая попытка как-то что-то определить на основании, что такая или иная дефиниция чаще встречается. Хорошо, примем к сведению, как ориентир, но фиксируем и главное – с определением пока никак. Его нет.
Потому, я бы на месте абв сделал бы ход конем и утверждал бы следующее: элиттные контроллеры (нет, не нонпрогрессоры конечно, это fail точно) это люди, которые демонстрируют ВН менее 50 копий, пока они демонстрируют такую ВН )) И, следствие из утверждения: все ЖК демонтируют ВН ниже 50 копий.
Вот так фиг докопаешься )))
-
Участник @qwerty написал в Помогите понять смысл анализа (теста):
roche cobas
Это вообще платформа ) Сундук. + там еще эн серий. Что в него зальем-воткнем, то и будет.
-
Участник @qwerty написал в Помогите понять смысл анализа (теста):
roche cobas
Это вообще платформа ) Сундук. + там еще эн серий. Что в него зальем-воткнем, то и будет.
-
Участник @qwerty написал в Помогите понять смысл анализа (теста):
roche cobas
Это вообще платформа ) Сундук. + там еще эн серий. Что в него зальем-воткнем, то и будет.
-
@qwerty ну, это быстрый сундук, час это реально. А доверять или нет – это к попам. Тест был 4 поколения? 6 недель закрывает. 3? 12 недель закрывает. Все просто.
-
@qwerty ну, это быстрый сундук, час это реально. А доверять или нет – это к попам. Тест был 4 поколения? 6 недель закрывает. 3? 12 недель закрывает. Все просто.
-
@qwerty ну, это быстрый сундук, час это реально. А доверять или нет – это к попам. Тест был 4 поколения? 6 недель закрывает. 3? 12 недель закрывает. Все просто.
-
@qwerty это 4 поколение.
-
@qwerty ну, это быстрый сундук, час это реально. А доверять или нет – это к попам. Тест был 4 поколения? 6 недель закрывает. 3? 12 недель закрывает. Все просто.
-
@qwerty а аутоиммунные заболевания как-то способны удлинять период окна? С какого перепугу? Нет, а то и укорачивать. Или иммунодефицит и аутоиммунное заболевание – один черт? Не так, чтобы очень. С точностью до наоборот.
-
@djamal на что спорить будем?)))
-
@qwerty а аутоиммунные заболевания как-то способны удлинять период окна? С какого перепугу? Нет, а то и укорачивать. Или иммунодефицит и аутоиммунное заболевание – один черт? Не так, чтобы очень. С точностью до наоборот.
-
@ив вы вопросом на вопрос отвечаете.
Вам говорят, что ПЦР в США не используется в качестве скринингового теста, вы утверждаете обратное - вас просят дать ссылку на нормативный документ CDC, где это написано. Вместо этого вы кидаете ссылку на русскоязычный ресурс, который никакого отношения к CDC не имеет.
Вам говорят у вас ошибка, перепроверьте информацию.
-
@ив у нонпрорессоров в какой момент? Это важное обстоятельство. В латентную или острую? И как долго? Всегда? Год? Пять? Сколько? И ниже порога какого? 50 копий? Где критерии то?
Ну, чтобы такое утверждать, нужно определение ЭК. Его не существует. Т.е. у кого-то, кого точно мы не знаем, т.к. у нас нет определения, а для разных КИ определения ЭК формулируются лишь для данного контекста, а не вообще, что-то как-то? Так у кого именно? Нет критериев на сегодня.
Впрочем, возьмем свежее что-то, например это:
Promer K, Karris MY. Current Treatment Options for HIV Elite Controllers: a Review. Curr Treat Options Infect Dis. 2018 Jun;10(2):302-309. PMID: 30344450.
The most beneficial course of action becomes less clear for those who spontaneously control HIV viral load below the limit of detection for long periods of time in the absence of ART, a group known as “elite controllers.” Generally regarded as rare, estimated prevalence ranges from 0.15 to 1.5% of all patients living with HIV (PLWH) [4, 5, 6, 7].Cutoffs for viral load and time period of follow-up differ between various definitions of elite control, which contributes to the range of prevalence among these studies.
Ну, давайте заглянем по ссылкам в 4,5,6,7… о чем же тут? Ткнем в то, что свежее. Сюда. Тут выделяют условно elite controllers до 50 копий и viremic controllers (50-2000 копий). Ну, пусть так. Смотрим ниже: One hundred and forty-one (29.7%) patients lost viral load control за период наблюдения. Т.е. вывод? Сегодня ту танцуешь джаз, а завтра родину продашь. ЭК это не перманентный статус, это собирательное нечто с данными критериями, довольно произвольными для каждого исследования или анализа, и это временное нечто.
нон прогрессоров, часто или почти всегда вирусная нагрузка будет ниже порога чувствительности тест систем
Итак, вот в разрезе данного исследования данное утверждение имеет следующие проблемы: тут вообще не выделяют нонпрогрессоров, а использют другие дефиниции. Можно сказать, что этому соответствуют в данном анализе те, что тут описывают как elite controllers и дают им определение, но… и это временно, как мы видим, для приличной части таковых и данного периода наблюдения. Там исследователи выделили предикторы прогрессии, и раскидали пробабилити прогрессии для elite controllers от 13% до 70% для разных подгрупп таковых. Ну, вот как-то так. Может быть наш спикер пояснит что имел ввиду? Что-то в моменте? Или что? Не знаю.
Ну, хорошо, возьмем еще что-то, статью под номером 6 пусть для более наглядного примера. Тут у нас уже другой каганат. Medical control, elite control, low viremia, or high viremia. Пояснений в абстракте нет, смотрим полный текст. Тут у нас следующее взято для определения элитных контроллеров:
Elite control was defined by ≥3 consecutive HIV-1 RNA measurements, on separate days and spanning a period of ≥12 months, registering below the limit of detection for the assay in the absence of any ART.
Почему именно так? Авторы объясняют, что потому, что:
This definition of elite control has been used in several prior reports [3, 16, 17].
Ну, да, а что велик то выдумывать. Но, обратим внимание на критерий времени, он тут четко указан? Зачем? Потому, что иначе чехарда, т.к. сегодня ты ЭК, а завтра уже просто нонпрогрессор, а послезавтра slow progressor или можно уже расслабиться и встать в строй.
Вернемся к тексту Promer и Karris:
However, most experts agree that the definition for elite control is demonstration of multiple consecutive undetectable viral loads for at least
6 months or undetectable viral loads on at least 90% of measurements over 10 years [8]. The classification “viremic controller” is similar but allows a higher RNA cutoff of 2000 copies/mL [9, 10, 11]. The term “long-term non-progressor” refers to immunologic control with a nadir CD4+ T cell count of at least 500 cells/μL over more than 8 years [4]. “Chronic progressors,” also referred to as “non-controllers,” do not fulfill any of the above definitions of spontaneous control.Ну, вот такая попытка как-то что-то определить на основании, что такая или иная дефиниция чаще встречается. Хорошо, примем к сведению, как ориентир, но фиксируем и главное – с определением пока никак. Его нет.
Потому, я бы на месте абв сделал бы ход конем и утверждал бы следующее: элиттные контроллеры (нет, не нонпрогрессоры конечно, это fail точно) это люди, которые демонстрируют ВН менее 50 копий, пока они демонстрируют такую ВН )) И, следствие из утверждения: все ЖК демонтируют ВН ниже 50 копий.
Вот так фиг докопаешься )))
@ilya-antipin доброе утро, Илья Игоревич, спасибо огромное.)
-
@ilya-antipin доброе утро, Илья Игоревич, спасибо огромное.)
-
Здравствуйте! Похоже, вам интересна эта беседа, но у вас пока нет учетной записи.
Вы устали просматривать одни и те же посты каждый раз, когда заходите на сайт? После регистрации, вам не придётся искать обсуждения в которых вы принимали участие, настройте уведомления о новых сообщениях так как вам это удобно (по электронной почте или уведомлением). У вас появится возможность сохранять закладки и ставить лайки постам, чтобы выразить свою благодарность другим участникам сообщества.
С вашими комментариями этот пост может стать ещё лучше 💗
Зарегистрироваться Войти