прятался в цнс

Вообще-то много где, кроме ЦНС.

Представленные доказательства являются косвенными

То есть - хз, так или не так.

We found no evidence of rebound macrophage-tropic virus in the CSF, even in one individual who had macrophage-tropic HIV-1 in the CSF pre-therapy.

То есть источником были не переваскулярные макрофаги, ни резидентная микроглия. В ЦНС. Что-то иное. Якобы. Если генетические разногласия можно так трактовать, а есть варианты, если что.

Но что тогда?

Peak rebound CSF viral loads vary and we show that high viral loads and the appearance of clonally amplified viral lineages in the CSF are correlated with the transient influx of white blood cells.

Как вот это понимать то? Речь же явно не про то, что что-то там коррелировало с тем, что через GLFTS прилетело? Я не понимаю, о чем эти уважаемые джентлмены. Я долго смотрел на эту статью, полнотекста пока нет, ни черта не ясно. Судя по абстракту – логики не наблюдается вообще с якобы выводами. Вот если буквально читать абстракт, а) это не макрофаги ЦНС, б) есть корреляция с притоком лимфоцитов с периферии. Тут определённо нужно читать полный текст, иначе какая-то фиготень выходит. Ну, ок, может быть резервуарные клетки и разные, но с чего там идея о том, что они из ЦНС то выпрыгнули? Как раз не получается этого. Линия в СМЖ то заточена на CD4+, вопрос откуда они – может быть…

Специалистам из США удалось найти признаки существования латентного резервуара ВИЧ в центральной нервной системе. Представленные доказательства являются косвенными, но весьма убедительными, отмечают авторы исследования.

https://life4me.plus/ru/news/rezervuar-9709/

Ученые обнаружили ДНК ВИЧ в CD4+ Т-клетках и гепатоцитах. Из этого они сделали вывод, что печень может быть потенциальным резервуаром ВИЧ у людей с гепатитом В, которые принимают АРТ. Работа опубликована в The Lancet.

В ходе исследования ученые изучили образцы крови и печени 18 человек. Почти все они (94%) были мужчины, а средний возраст составил 33 года. У всех участников был ВИЧ и гепатит В. Кроме того, у 56% пациентов выявили фиброз легкой степени, у 17% — умеренный, и у 11% был тяжелый фиброз.

До начала лечения ДНК и РНК ВИЧ определялись в печени у 53% и 47% пациентов. Затем определяемая ДНК ВИЧ сохранялась у 39%. После двух лет терапии оказалось, что у более половины из них ДНК ВИЧ определялась в печени (в CD4+ Т-клетках и гепатоцитах).
По данным ученых, ДНК ВИЧ в образцах плазмы и ткани печени не отличались у пациентов, принимавших эмтрицитабин. Однако у получающих тенофовира дизопроксил фумарат и эфавиренз уровни ДНК вируса были гораздо выше. Кроме того, исходный фиброз связали с присутствием ДНК ВИЧ в образцах печени, полученных после начала терапии.

Ранее ученые выяснили, что у людей с гепатитом B переход с TDF (тенофовира дизопроксила фумарат) на TAF (тенофовира алафенамид) эффективнее подавляет уровень вируса гепатита в крови, а также хорошо влияет на состояние печени и почек.

https://www.thelancet.com/journals/ebiom/article/PIIS2352-3964(22)00573-4/fulltext

https://www.catie.ca/catie-news/changing-formulations-of-tenofovir-led-to-better-measures-of-health-in-people-with-hiv

Проще: основная проблема там была, да и есть, в том, что нужно учесть долю «битых» копий провирусов, а также в условиях где более одной интеграции на геном.

Consistent with previous reports, only 2.4% of proviruses
were intact. The remaining 97.6% had fatal defects including deletions, encompassing on average 49.6% of the genome, and/or G→A hypermutation, which altered start codons and/or introduced stop codons in most open-reading frames (ORFs).

Из той же статьи.

Ну, и нужно понимать, что методика не будет применяться в клинических условиях, а лишь в КИ, и то, скорее, чтобы понять границы и пределы, а далее пользоваться более дешевыми методами + экстраполяция.

Предложенная методика сильно точнее, но не идеальна также.