Короче, для параноиков

И этого мало будет. У них супер-экстра-мега-инопланетный рекомбинант. Под который еще не создано диагностических систем.

Ну вот здесь как раз и понятно, что где то есть проблема в этом исследовании.

Мало панелей применено. Но цель исследования другая была. С панелями просто побаловались, можно сказать.

Вопрос: какая статистическая вероятность того, что беря два разных достаточно больших пула положительных образцов, 71 и 217, в первом случае вы потеряете целых 34, а во втором - только 1? Ответ: статистическая вероятность практически нулевая. То есть здесь есть какой-то неучтённый системный фактор или факторы.

А кто сказал, что у нас гетерогенная популяция по искомым признакам? Она как раз более или менее однородная должна быть в рамках одной связанной социально и экономически территории. Потому – все логично.

Значит что-то не так в методологии исследования, и просто нельзя сопоставлять данные по панели с данными по популяции.

Ясен веник нельзя, достаточно посмотреть на карту мира с доминирующими вариантами. В исследовании и не делали никаких выводов в ту сторону особых.

У нас тут А и рекомбинашки на тему А рулят. На самом деле у нас нет толковых этпидданных, кстати. Это по очень таксебешным замерам.

Короче, для параноиков – Abbott или Bioarad. ВекторБест тоже пойдет, но уже людям с устойчивой психикой. Как-то так.

Ну вот здесь как раз и понятно, что где то есть проблема в этом исследовании.

Смотря на самый правый столбец, мы заключаем, что чувствительность тест-системы MBU более менее одинакова для всех штаммов вируса и их рекомбинантов. Интегральная чувствительность по этой панели 37 из 71.

Интегральная же чувствительность той же тест-системы по популяции - это 216 из 217.

Вопрос: какая статистическая вероятность того, что беря два разных достаточно больших пула положительных образцов, 71 и 217, в первом случае вы потеряете целых 34, а во втором - только 1? Ответ: статистическая вероятность практически нулевая. То есть здесь есть какой-то неучтённый системный фактор или факторы.

Значит что-то не так в методологии исследования, и просто нельзя сопоставлять данные по панели с данными по популяции. Ну например, образцы из панели могли быть сильно разбавлены и поэтому концентрация антител в них была гораздо ниже чем у образцов из популяции?

Давайте визуализируем ваши опасения. На уровне «норм» и «может и не норм». Со всеми понятными ограничениями, ну, как есть.

Какое знание тут нам приходит? Ну, отечественные системы… отечественные. Есть ли тут именно проблема в в общей картине? Сильно не уверен. В каком-то частном случае? Маловероятно, но, возможно, что не невозможно. Как-то так.

В качестве выявленных в России указывают вот эти подвиды:

In early 2000s, HIV-1 subtype A, currently classified as subtype A6, was responsible for > 90% new infections. As of now, it is spread among > 80% of HIV-infected people. Subtype B HIV-1 is found in approximately 8% patients. Less common are subtypes G, C, D, recombinant forms CRF01_AE, CRF02_AG, CRF06_cpx, CRF11_cpx, CRF63_02A1, and AB-recombinants.

Но не указывают на какие именно штаммы российские тест-системы не сработали на virus diversity panels.

Меня здесь смущают данные по чувствительности разных тест-систем.

С одной стороны все очень даже хорошо - при тестировании популяции true positives совпали между разными тест-системами (за исключением одного кейса, где и другие тест-системы дали слабые сигналы - что похоже на недавнее заражение).

С другой же стороны чувствительность тест-систем очень сильно отличается для различных штаммов вируса, ряд систем здесь показал совсем удручающие результаты (чувствительность падала до 50%).

Тут же авторы пишут, что в РФ как и в других странах все большее распространение получают различные штаммы вируса и их рекомбенанты, приводят их подтипы.

Как тогда первые данные бьются со вторыми? В выборку популяции не попали неуловимые штаммы?

Все более или менее ок. ВИЧ-1,2-АГ/АТ (ООО «Медико-биологический союз») один раз зевнула, что не фатально, скорее всего, но при наличии альтернатив, лучше в случаях попыток ранней диагностики, до 4 недель, наверное, ее стоит избегать.

Ну, и выявленный процент под 4% напрягает сильно. Очень надеюсь, что это особенности выборки.

ВИЧ-положительными оказались 217 человек (3,99%)

В исследовании участвовали 4452 представителя общей популяции, 391 человек из групп высокого риска ВИЧ-инфекции

В общей популяции обнаружили 18 инфицированных (0,4%), причем распространенность ВИЧ была выше у мужчин по сравнению с женщинами (0,62% против 0,17%) и существенно выше — среди лиц младше 40 лет по сравнению с более старшими возрастными группами (0,58% против 0,05%).

Однако в группах высокого риска распространенность оказалась выше почти на два порядка: среди пациентов кожно-венерологических центров — 34,1%, среди потребителей инъекционных наркотиков — 58,8%. Доля недавно инфицированных среди ВИЧ-положительных представителей общей популяции — 20%, в группе высокого риска — 4,2%.

Тут есть над чем подумать. И, я бы сказал, что это очень качественные данные, которые позволяют несколько скорректировать понимание реальной распространенности ВИЧ в РФ. На основании прошлых данных, хотя это прикидки, я как-то представлял себе картинку как миллион ходит выявленный, еще полмиллиона – в тени. Похоже, что все заметно хуже. В Вилке 0,5-1 млн скрытая часть айсберга только в генеральной популяции, очищенной от факторов риска. Дальше сложно оценить субпопуляцию с высоким риском, так, как он сформулирован тут даже, но сложно допустить, что она менее 5 миллионов. Точнее, тут просто пальцем в небо. Окажется, что 10 млн – тоже не удивлюсь. Короче, белые пятна тут огромные, и никаких попыток (вот, за редким исключением) понять общую картинку точно по стране, по понятным причинам. И что за пределами агломераций… тоже все в тумане.

D. E. Kireev и др. Serological diagnosis and prevalence of HIV-1 infection in Russian metropolitan areas. BMC Infectious Diseases volume 21, Article number: 24 (2021)..